东北粗皮蛙线粒体 DNA 遗传多样性分析

本文通过对东北粗皮蛙29个样本线粒体DNA控制区和细胞色素b基因部分序列分析,探讨其遗传多样性和种群遗传结构。 PCR扩增和测序结果,获得587bp的线粒体DNA控制区序列和895bp的细胞色素b基因序列。合并线粒体DNA序列分析,共定义14个单倍型,16个变异位点,单倍型多样性（H）为0．704,核苷酸多样性（π）为0．001,平均核苷酸差异数为1．438,表明东北粗皮蛙遗传多样性较低。分子变异分析（AMOVA）结果表明,种群内变异占全部遗传变异的98．13％,群体间没有遗传分化（FST ＝0．0187）,因此应加强对东北粗皮蛙野生种群的保护。     

帘蛤科两种经济贝类种群的ITS-1序列遗传多样性分析

利用核糖体DNA转录间隔区ITS-1序列对硬壳蛤(Mercenaria mercenaria)的养殖群体和青蛤(Cyclinasinensis)的野生种群遗传多样性进行了分析.经过PCR扩增、连接与测序后,得到硬壳蛤ITS-1的长度为718～724 bp,青蛤的为665～683 bp,序列用ClustalX1.83多重比对后,在725 bp组成的同源片段中有714个碱基序列为保守位点,通过DNAsp软件分析,该种群的核酸多态性指数Pi为0.00302,每位点Eta为0.00304,并检测出4个单倍型(Haplotype)序列.青蛤在由695 bp组成的同源片段中有644个碱基序列为保守位点,该种群的Pi为0.03071,每位点Eta为0.0378,共测出6个单倍型(Haplotype)序列.利用PAUP4.10软件计算出每个种群内单倍型序列间的相对遗传距离,其中,硬壳蛤的遗传距离仅为0.0014～0.0056,说明其DNA遗传多样性的丰度较低;而野生青蛤种群的遗传距离为0.0036～0.0105,说明其遗传多样性比较丰富.文章还初步讨论了双壳类遗传多样性变动的因素及种质保护等问题.     

陕西秦巴山区中华蜜蜂线粒体DNA的遗传多样性

为研究陕西秦巴山区中华蜜蜂遗传多样性,对陕西秦巴山区20个地理种群的200群中华蜜蜂线粒体DNA tRNAleu~COⅡ基因片段进行测序分析。结果显示:线粒体DNA基因片段长度为349bp,其中包括90bp非编码区和259bp的COⅡ部分序列,A+T含量大于85%,表现出A+T偏倚性;共检测到25个变异位点和29种单倍型,单倍型多样度为0.680±0.037,核苷酸多样度为0.002 94±0.000 25;聚类分析发现陕西秦巴山区中华蜜蜂各地理种群间未发生明显遗传分化,与北京、吉林、甘肃等地及日本东方蜜蜂亲缘关系也较近,而与印度东方蜜蜂亲缘关系较远。     

灵空山褐马鸡种群遗传多样性研究

山西灵空山国家级自然保护区位于太岳山脉中段,近二百年来没有褐马鸡分布的记载和报道,2005年首次发现褐马鸡在此栖息。灵空山褐马鸡地理种群的来源和遗传背景的研究尚属空白。文章采用线粒体DNA分子标记技术,对灵空山褐马鸡种群的遗传多样性、遗传结构、系统发育进行了分析。结果显示:4只个体均获得长度为1 238 bp的mtDNA D-loop全序列以及1 458 bp Cyt b的全序列,分别定义了3个和2个单倍型。两条序列D-loop和Cyt b单倍型多样性(h)平均值分别为0. 833和0.5,核苷酸多样性平均值(π)分别为0.002 83和0.002 06,平均遗传距离分别为0.003和0.002。反映了灵空山自然保护区褐马鸡种群具有较高的单倍型多样性和较低的核苷酸多样性,种群遗传多样性较低。这与该地区褐马鸡的资源现状、分布范围相适应。     

东北粗皮蛙线粒体DNA遗传多样性分析

本文通过对东北粗皮蛙29个样本线粒体DNA控制区和细胞色素b基因部分序列分析,探讨其遗传多样性和种群遗传结构。PCR扩增和测序结果,获得587bp的线粒体DNA控制区序列和895bp的细胞色素b基因序列。合并线粒体DNA序列分析,共定义14个单倍型,16个变异位点,单倍型多样性(H)为0.704,核苷酸多样性(π)为0.001,平均核苷酸差异数为1.438,表明东北粗皮蛙遗传多样性较低。分子变异分析(AMOVA)结果表明,种群内变异占全部遗传变异的98.13%,群体间没有遗传分化(FST=0.0187),因此应加强对东北粗皮蛙野生种群的保护。     

淮河乌鳢线粒体DNA控制区结构分析及遗传多样性研究

利用线粒体DNA控制区(D-loop)序列分析淮河淮滨段、凤台段、蚌埠段、洪泽湖的野生乌鳢(Ophicephalus argus)种群遗传结构及种群历史.结果表明,在790bp的同源序列中,4个种群共检测到变异位点22个,占全部序列的2.78%,84个个体共检测到33种单倍型;4个种群的平均单倍型多样性(h)、核苷酸多样性(Pi)分别为0.956 8、0.0038,表明淮河野生乌鳢种群的遗传多样性水平较高.4个种群间的遗传分化指数Fst为0.046 0,仅3.10%的变异来自种群间(AMOVA分析),基因交流值为10.3696,种群间K2-P遗传距离为0.003～0.005,从而显示乌鳢种群间没有发生明显的地理分化.NJ树揭示4个种群的个体组成2个谱系,但这2个谱系与地理分布并不相关.中性检验、错配分析和Network网络亲缘关系分析皆表明乌鳢鱼种群有过种群扩张,扩张时间约在末次冰期早期,距今51.8ka BP～74.6ka BP.     

鲇细胞色素b基因序列分析

对4个种群的鲇（Silurus asotus）的线粒体DNA（mitochondrial DNA,mtDNA）细胞色素b（cytochrome b,Cytb）基因片段的500bp序列进行测定,经Clustal X同源排序后得400bp序列．结果表明：鲇种群内碱基的变异较低,雅砻江和涣阳河种群均为0,岷江种群为0．25％,乌江种群为1．25％．雅砻江和澳阳河种群只有1种单倍型,岷江和乌江种群有2种单倍型但单倍型间变异位点很少．雅砻江和涣阳河种群内无变异位点,岷江种群仅有1个变异位点,乌江种群有5个变异位点．结论：细胞色素b基因在鲇种群内是比较保守的,种群间的变异较大．     

基于mtDNA基因序列的北美五倍子蚜遗传多样性

对北美五倍子蚜9个种群156个个体的mtDNA基因部分序列进行了PCR扩增和测定,计算核苷酸组成和变异,分析其遗传变异和遗传结构,共获得M.rhois mtDNACytb和COI基因联合片段1 680bp,其中变异位点192个,简约信息位点162个;碱基G+C含量与A+T含量相比要低,碱基转换高于颠换;mtDNACytb和COI联合基因序列共获得86个单倍型。种群AMOVA分析显示,种群间变异高于种群内变异(FST=0.595 30,P0.05),说明M.rhois种群间遗传结构分化相对明显。TCS网络图显示,俄亥俄州克利夫兰种群比较特殊,与其余种群间的遗传距离和分化较大(FST值高),推测可能是M.rhois的一个新种。中性检测mtDNACytb和COI基因的Tajima’D值为正,并且单倍型歧点分布呈多峰型,说明M.rhois可能在历史上长期处于动态平衡之中,地理隔离可能是造成这一遗传结构特点的主要原因。     

基于COⅠ基因和D-loop序列的东海鳓鱼种质资源遗传变异研究

以东海区鳓鱼背部肌肉的线粒体DNA作为模板,对16个个体的CO Ⅰ基因和D-loop序列进行了扩增,通过对PCR产物进行双向测序,最终得到了691 bp的CO Ⅰ基因片段和718 bp的D-loop序列片断.用DNASP软件分析得知,16个CO Ⅰ基因序列定义了6个单倍型(在GenBank登录号:HM030765-HM030768,HM030769-HM030770),在6个单倍型中,共检测到6个变异位点,其中有5个变异位点发生在第三密码子位置上,有1个变异位点发生在第一密码子位置上.东海区鳓鱼16个个体D-loop序列共定义了14个单倍型(GenBank登录号:HM030781,HM030783-HM030792,HM030794-HM030796).除去插入/缺失位点,14个单倍型共检测到30个多态位点,主要发生在D-loop序列的两端区域;D-loop序列还检测到80个插入或缺失位点,碱基插入主要发生在340～419 bp之间的中央区域,以40 bp重复片断插入的形式进行.每个个体含有2～4个连续重复片断.对鳓鱼进行了遗传多样性分析,CO Ⅰ基因序列的单倍型多样性为0.617,核苷酸多样性指数为0.001 37,平均核苷酸差异数为0.950.D-loop序列的单倍型多样性为0.983,核苷酸多样性指数为0.009 98,平均核苷酸差异数为6.367.综合分析,东海区鳓鱼的遗传多样性并不高,有必要采取综合措施对其进行种质资源保护.     

基于mtDNA COI序列的福建B型烟粉虱田间种群分析

本研究对福建B型烟粉虱10个田间种群的线粒体DNA COI基因(mtDNA COI)进行测序,并通过与NCBI数据库上埃及、湖北、武汉3个B型烟粉虱地理种群的mtDNA COI的序列进行比对分析,结果表明在核苷酸多样性、单倍型数、单倍型多样度上,不同地理种群都不一样,但是福建种群这些遗传特征数据显著高于其它地理种群.结合近年来我省田间烟粉虱种群抗药性水平迅速提高这一结果分析,可以推测,在不同杀虫剂压力选择下,不同抗性基因得以在我省不同地理群体中流动,种群内呈现比较明显的抗性遗传分化趋势,群体遗传多样性也更为丰富,表现出烟粉虱对不利环境较强的适应能力.     

东海带鱼DNA条形码的建立及COⅠ序列变异分析

采用聚合酶链反应(PCR)技术对浙江近海水域带鱼群体(n=15)的mtDNA CO Ⅰ基因序列进行扩增,获得了大小约为650 bp的扩增产物.对PCR产物进行双向测序,得到了609 bp的基因片段(除去两端的部分序列),获得了带鱼的DNA条形编码.用DNAMAN软件进行了排序比较发现,东海带鱼的CO Ⅰ基因序列同源性高达99.69％;用DNASP软件分析得知,15个序列共有10个单倍型(在GenBank登录号:GU970070-GU970075,GU970079-GU970082),在15个个体中,共检测到13个变异位点,包括11个转换和2个颠换位点.运用MEGA软件计算出了不同个体间的遗传距离,并据此构建了UPGMA和NJ系统树.用DNASP软件计算出的多态位点数为13、核苷酸多样性指数和平均核苷酸差异数分别为0.005 13和3.124.研究结果表明,东海带鱼的COI基因个体变异程度比较小,对研究带鱼的种群结构和不同地理种群的遗传分化具有一定的应用价值.     

白洋淀乌鳢线粒体D-Loop区序列遗传多样性分析

采集白洋淀野生鸟鳢(Channa argu)群体和养殖乌鳢群体62个样本.运用PCR技术对该62个样本的线粒体D-Loop区序列进行扩增,测序得到的序列进行比对.结果显示,线粒体D-Loop区片段中,T,C,A和G碱基平均含量分别为28.14％,22.36％,34.38％和15.12％,A+T的含量(62.52％)高于G+C含量(37.48％),具有明显的碱基组成偏向性.共检测到112个变异位点,占全部序列的12.3％,检测到单倍型9种,单倍型多样性(Hd)为0.783,核苷酸多样性(Pi)为0.054 09,2个群体的遗传距离为0～0.12,遗传分化指数(Fst)为0.943 44,基因流(Nm)为0.014 99.基于线粒体D-Loop区序列的研究表明:野生乌鳢群体的遗传多样性比养殖群体的遗传多样性低,同时2群体间具有明显的遗传分化现象.     

基于线粒体基因的杂色山雀中国大陆种群遗传多样性研究

杂色山雀(P arus varius)为东亚特有鸟类、分布呈片段化.为了深入了解杂色山雀中国大陆各地理种群遗传水平现状,分析了杂色山雀8个地方种群49个样本的线粒体Cytb基因全序列(1143bp)和部分ND5基因序列(957 bp),所测样品全长共2.1 kb.结果显示:T、C、A、G碱基的平均含量分别为21.5％、37.4％、28.9％、12.2％,A+T含量(50.4％)略高于G+C含量(49.6％);发现17个变异位点,其中单变异位点为7个,简约信息位点数为10个;检测到14个单倍型,8个地方种群共享一个单倍型(Hap-1),说明这个单倍型是个较古老的单倍型,也反映了这几个群体间的分化是不显著的.5个种群的单倍型多样性为0.822 39,核苷酸多样性为0.000 82,平均核苷酸差异数为4.663 83,总体上看,杂色山雀具有较低的单倍型多样性和核苷酸多样性.五个种群的Nm值为5.282 21～17.33645,Fst值为0.002 07～0.086 47,构建的系统发生树和TCS网络图进一步分析表明杂色山雀遗传多样性较低、基因交流非常频繁、种群间的分化不显著.中性检验显示偏离中性期望值,表明种群在进化的过程中出现过群体急速扩张事件.     

基于线粒体Cytb基因探讨我国日本囊对虾4个地理群体的遗传结构及种群分化

利用线粒体细胞色素b基因序列分析了4个不同地理群体(北海群体、陵水群体、惠来群体和厦门群体)的野生日本囊对虾(Marsupenaeus japonicus)的群体遗传结构.以特异引物进行PCR扩增,获得了日本囊对虾530 bp的基因片段序列.序列分析结果表明,在120个日本囊对虾个体中,共检测到75个多态位点,获得62个单倍型,其中有44个简约信息位点,占整段序列的8.3%.各单倍型变异无碱基的插入或缺失,全部为转换或颠换,碱基频率含量(fA+fT)为59.4%,大于(fG+fC)(40.6%).核苷酸多态性以惠来群体最高,其它3个群体较低.群体内遗传距离为0.45%～2.60% ,群体间遗传距离在0.50%～5.30%之间.采用分子方差分析(AMOVA)方法,结果显示,群体间遗传变异占总变异的69.9%,群体内的遗传变异占总变异的31.1%,群体间变异是总变异的主要来源.构建的4个群体分子系统树表明,北海群体、陵水群体和部分惠来群体由于亲缘关系较近而聚在一起,而厦门群体则和部分惠来群体聚成另一支,两支的平均遗传距离为5.17%,分化接近亚种水平,据此认为我国东南近海的日本囊对虾可以分为2个种群,2个种群的分布区域在广东惠来海域附近存在重叠.     

西藏马线粒体DNA D loop区的遗传多样性

对西藏拉萨和泽当两个地区23匹西藏马的线粒体DNA控制区(mtDNA D-loop)部分片段进行序列分析, 检测出16个单倍型, 包括32个核苷酸多态性位点(其中转换位点31个, 缺失位点1个), 占所分析位点总数的9.27%. 单倍型多样性(h)和核苷酸多样性(π)分别为0.93±0.04和2.51%±0.16%, 表明西藏马的遗传多样性较丰富. 基于23匹西藏马序列以及现代欧亚马群的mtDNA序列, 进行了系统发育分析和多维尺度分析. 结果表明, 西藏马在母系遗传关系上与近东、 中亚以及欧洲家马有较近的亲缘关系, 与东亚的蒙古马以及韩国马亲缘关系较远.     

基于线粒体COI基因序列的丽文蛤群体遗传多样性和遗传结构分析

为了评估丽文蛤的遗传多样性,为丽文蛤的保护与开发提供基础遗传信息,本研究利用线粒体COI基因片段序列比较分析了我国沿海丽文蛤4个地理群体(漳州、珠海、海口和北海)的遗传多样性和遗传结构。4个群体共54个样本的线粒体COI基因部分序列经处理得到长度均为623 bp的核苷酸片段,检测到19个单倍型。群体遗传多样性分析显示,4个群体的单倍型多样性为0.464~0.889,核苷酸多样性为0.000 80~0.011 04。单倍型多样性较高的是漳州群体和海口群体,北海群体单倍型多样性相对较低。核苷酸多样性中漳州群体最高,而北海群体同样显示最低,北海群体多样性较低的原因可能是样本量小。分子变异分析(AMOVA)结果显示96.20%的变异来自群体内。群体间遗传分化指数显示漳州与珠海和北海群体之间存在较大的遗传分化(FST值分别为0.162 49和0.117 31),且均达到显著水平;而漳州与海口群体之间遗传分化小且分化不显著。珠海、海口和北海群体之间遗传分化小(FST值0.070 99~0.094 30)且分化不显著。聚类分析和单倍型网络图均显示丽文蛤漳州群体与珠海和北海群体分化明显,而珠海、海口和北海群体之间分化不明显,其结果与FST值相一致。     

太行山猕猴种群mtDNA遗传多样性研究

2007年11月～2008年2月,利用非损伤性取样法,在太行山猕猴国家级自然保护区采集到3个地理单元、5个野生种群猕猴个体的粪便样品,并从22份样品中提取到DNA,在此基础上,分析和探讨了野生太行山猕猴种群的遗传多样性状况及种群遗传结构.结果表明:①在341 bp的mtDNA控制区序列中发现11个变异位点,其中转换和颠换的位点分别为9个和2个;②在3个地理单元中,共定义了9种单倍型;③AMOVA分析结果表明,88.02％和11.03％的遗传变异分别发生在各地理单元间和各种群间,而地理单元内的各种群间的遗传变异仅占0.95％,且济源、焦作和新乡3个地理单元间存在着显著的遗传分化(P＜0.01),无共享单倍型;④济源黄楝树种群具有最多的单倍型数(3),最高的单倍型多样性(0.833),最高的核苷酸多样性(0.002 93)和最高的平均核苷酸差异数(1.000).因此,从保护物种基因多样性的角度考虑,建议自然保护区管理部门将该种群列为优先保护单元.     

环境因子对大石鸡种群遗传多样性的影响

分别以mtDNA的非编码基因D-loop和编码基因Cytb为分子标记,研究了大石鸡分布区内12个种群遗传多样性与环境因子之间的相关性.173个样本的D-loop部分序列(1127 bp)中共发现了34个多态位点,定义了44种单倍型;230个样本的Cytb部分序列(807 bp)中共发现了13个多态位点,定义了14种单倍型.基于D-loop和Cytb的单倍型多样性和核苷酸多样性与样本量之间均无显著相关性.所有的种群遗传多样性与环境因子相关性检验中,基于D-loop的核苷酸多样性与降水量的负相关、基于Cytb的单倍型多样性与纬度和相对湿度变异系数的负相关以及基于Cytb的核苷酸多样性与相对湿度变异系数的负相关达到了显著水平,说明纬度、降水和相对湿度变异系数是影响大石鸡遗传多样性的主导因子,低纬度、干旱以及气候稳定的环境下,大石鸡的遗传多样性更高.     

锈斑蟳的COI基因序列的扩增和分析

本研究通过扩增了广东南海汕尾海域锈斑蟳COI基因的部分序列,初步分析了该海域锈斑蟳的种群遗传多样性。614bp的COI序列共检测到11个多态性位点数（polymorphic sites）,其中包含9个单变异位点（singleton variable sites）,2个简约信息位点（parsimony informative sites）,平均核苷酸变异位点（K）为2．778,核苷酸多样性指数（Pi）为0．00455。所检测的9个锈斑蟳个体中共定义了7个单倍型（Haplotype）,单倍型多样性指数为（Haplotype diversity）0．787。总体分析表明,广东汕尾海域锈斑蟳遗传多样性程度比较均匀,种质资源总体丰度相对可观。     

珠江流域野生黄颡鱼Pelteobagrus fulvidraco的Cyt b基因序列分析

利用PCR技术扩增得到珠江水系5个江段共190尾野生黄颡鱼Pelteobagrus fulvidraco样品的线粒体DNA细胞色素b(Cyt b)基因片段,并测定其序列,确定野生黄颡鱼的Cyt b基因片段全长为1 109 bp。在190尾样品中检测到43种不同的单倍型,单倍型多样性(Hd)和核苷酸多样性(Pi)分别为0.848 57和0.04 817,呈高单倍型、低核苷酸多样性的分布模式,表明其遗传多样性属于中等水平。利用Clustal-X 1.81和MEGA 5.0软件对190尾样品进行同源基因序列分析,其A+T含量(55.1%)显著高于G+C含量(44.8%),碱基组成差异不大,分布比较平均。使用最大似然率法构建分子系统发生树,结果表明都匀江段与左江江段的遗传分化程度最大(Fst=0.414 30)。AMOVA分析显示,珠江水系野生黄颡鱼的遗传变异均来自群体内,达到75.23%,表明地理因素对黄颡鱼的遗传分化产生了一定的影响,聚类结果与地理分布存在一定的相关性。中性检验结果表明,各群体间没有发生过种群扩张,种群数量相对稳定。