重庆市4个中华蜜蜂地理种群形态及mtDNA多样性分析

选取重庆武陵山脉、大巴山脉以及大娄山脉的4个中华蜜蜂地理种群,对它们的形态和mtDNA非编码区遗传多样性进行了比较分析。6项形态指标聚类分析显示4个地理种群主要分为武隆-南川-江津支、南川-江津-城口支、城口支共3个大支。对mtDNA tRNAleu~COⅡ段的序列进行测定并分析其中的非编码区,发现4个地理种群呈现5个单倍型,包括3个共有单倍型和2个种群特有单倍型,整体单倍型多样度为0.754±0.005 59,核苷酸多样度为0.018 19。单倍型网络中介分析和聚类分析发现,单倍型H1,H3为武隆与城口中华蜜蜂所共有,与湖北荆门中华蜜蜂2个单倍型最为近缘,而与南川-江津中华蜜蜂单倍型H4距离较远;单倍型H2,H5分别为城口和南川中华蜜蜂所特有,单倍型H2起源于单倍型H3,单倍型H5与其余单倍型表现出分离。以上结果暗示重庆市4个中华蜜蜂地理种群形态分化与三大山脉地理环境具有关联性,但mtDNA多样性与地理无直接关系。     

重庆市4个中华蜜蜂地理种群形态及mtDNA多样性分析

选取重庆武陵山脉、大巴山脉以及大娄山脉的4个中华蜜蜂地理种群,对它们的形态和mtDNA非编码区遗传多样性进行了比较分析。6 项形态指标聚类分析显示4个地理种群主要分为武隆 - 南川 - 江津支、南川 - 江津 - 城口支、城口支共3 个大支。对mtDNAtRNA leu~COⅡ 段的序列进行测定并分析其中的非编码区,发现4个地理种群呈现5个单倍型,包括3个共有单倍型和2个种群特有单倍型,整体单倍型多样度为0.754±0.00559,核苷酸多样度为0.01819。单倍型网络中介分析和聚类分析发现,单倍型H1,H3为武隆与城口中华蜜蜂所共有,与湖北荆门中华蜜蜂2个单倍型最为近缘,而与南川 - 江津中华蜜蜂单倍型H4距离较远;单倍型H2,H5分别为城口和南川中华蜜蜂所特有,单倍型H2起源于单倍型H3,单倍型H5与其余单倍型表现出分离。以上结果暗示重庆市4个中华蜜蜂地理种群形态分化与三大山脉地理环境具有关联性,但mtDNA多样性与地理无直接关系。
     

猕猴桃种间体细胞杂种细胞质DNA遗传的初步分析

提取猕猴桃体细胞杂种叶片总DNA,PCR和限制性内切酶,分析了叶绿体基因组的trnT(UGU)和5'trnL(UAA)外显子之间的a～b间隔区DNA片段和光合系统Ⅱ D1蛋白基因(psbA)片段,以及线粒体基因组的ORF25片段的遗传特征.结果表明,狗枣猕猴桃(A.kolomikta)与中华猕猴桃(Actinidia chinensis)的对称体细胞杂种具有与中华猕猴桃相同的a～b间隔区DNA片段,叶绿体DNA遗传为非随机分离.还讨论了cpDNA遗传与猕猴桃种间的亲缘关系.     

基于mtDNA COI序列的福建B型烟粉虱田间种群分析

本研究对福建B型烟粉虱10个田间种群的线粒体DNA COI基因(mtDNA COI)进行测序,并通过与NCBI数据库上埃及、湖北、武汉3个B型烟粉虱地理种群的mtDNA COI的序列进行比对分析,结果表明在核苷酸多样性、单倍型数、单倍型多样度上,不同地理种群都不一样,但是福建种群这些遗传特征数据显著高于其它地理种群.结合近年来我省田间烟粉虱种群抗药性水平迅速提高这一结果分析,可以推测,在不同杀虫剂压力选择下,不同抗性基因得以在我省不同地理群体中流动,种群内呈现比较明显的抗性遗传分化趋势,群体遗传多样性也更为丰富,表现出烟粉虱对不利环境较强的适应能力.     

基于线粒体基因的杂色山雀中国大陆种群遗传多样性研究

杂色山雀(P arus varius)为东亚特有鸟类、分布呈片段化.为了深入了解杂色山雀中国大陆各地理种群遗传水平现状,分析了杂色山雀8个地方种群49个样本的线粒体Cytb基因全序列(1143bp)和部分ND5基因序列(957 bp),所测样品全长共2.1 kb.结果显示:T、C、A、G碱基的平均含量分别为21.5％、37.4％、28.9％、12.2％,A+T含量(50.4％)略高于G+C含量(49.6％);发现17个变异位点,其中单变异位点为7个,简约信息位点数为10个;检测到14个单倍型,8个地方种群共享一个单倍型(Hap-1),说明这个单倍型是个较古老的单倍型,也反映了这几个群体间的分化是不显著的.5个种群的单倍型多样性为0.822 39,核苷酸多样性为0.000 82,平均核苷酸差异数为4.663 83,总体上看,杂色山雀具有较低的单倍型多样性和核苷酸多样性.五个种群的Nm值为5.282 21～17.33645,Fst值为0.002 07～0.086 47,构建的系统发生树和TCS网络图进一步分析表明杂色山雀遗传多样性较低、基因交流非常频繁、种群间的分化不显著.中性检验显示偏离中性期望值,表明种群在进化的过程中出现过群体急速扩张事件.     

蒙古国西北部狼(Canis lupus)遗传多样性研究

采用PCR和测序技术,分析了30只蒙古国西北部狼线粒体DNA(mt DNA)D-loop区519 bp核酸序列,基于mt DNA D-loop区序列对蒙古国狼和NCBI公布的其它狼种群进行系统树构建。结果显示:蒙古国狼存在7种单倍型,检测到29处变异位点,占所分析位点总数的4.9%,各单倍型间的遗传距离为0.006~0.024平均遗传距离是0.004±0.001。单倍型多样性为0.952±0.096,核苷酸多性为0.011 60±0.006 46。聚类分析表明,蒙古国狼分布在2个支系中,与中国新疆、内蒙古种群亲缘关系较近,与中国青海、西藏、喜马拉雅山脉种群的亲缘关系较远。蒙古国西北部狼种群具有比较丰富的遗传多样性,在进化的历史过程中受到其他狼种群的影响较大。中国青海、西藏、喜马拉雅山附近的狼种群应同属于一个群体,该研究为蒙古国乃其与我国毗邻区域狼的遗传多样性保护提供了理论依据。     

河南刺猬种群的遗传多样性研究

为正确评价刺猬种群间的遗传关系,利用随机扩增多态DNA(RAPD)技术,对河南刺猬种群的遗传多样性进行研究.共扩增出89个位点,片段大小为200～1 650 bp,多态位点百分率(P)为89.89%,Nei's基因多样度(H)为0.328 1±0.172 0,Shannon's多样性信息指数(Ⅰ)为0.484 6±0.229 8,种群间遗传相似度平均为0.806 0,群体间遗传距离平均为0.222 8.结果表明,周口种群与信阳种群之间的遗传关系最近,信阳种群与濮阳种群之间的遗传关系最远,说明地理隔离可能是造成河南刺猬种群遗传差异的主要原因.     

重庆金佛山地区东方蜜蜂遗传多样性研究

对重庆金佛山地区31个东方蜜蜂样本的线粒体DNAtRNAleu～COⅡ基因进行了扩增和测序,同时还测定了重庆市其他地区6个东方蜜蜂样本的相同基因序列和从GenBank中下载了中国境内其他地区的10个东方蜜蜂样本相同基因序列,利用相关软件对重庆金佛山地区东方蜜蜂进行了遗传多样性分析.结果表明:金佛山地区东方蜜蜂存在4个单倍型,主体单倍型与国内大部分地区的单倍型相同,其余3个单倍型在国内尚未见报道;聚类分析显示金佛山东方蜜蜂单倍型H2和海南海口东方蜜蜂聚在一起.推测金佛山地区东方蜜蜂与国内大部分地区东方蜜蜂具有相似的基因库,但同时又具有自己独特的遗传背景.     

河南董寨国家级自然保护区赤腹鹰种群遗传多样性的研究

遗传多样性是评判物种能否长期生存的依据之一,与物种的适应能力、生存能力和进化潜力密切相关.为了了解河南董寨保护区赤腹鹰种群的遗传多样性水平,对该种群48个样本线粒体DNA控制区429bp序列进行了对比分析.结果显示:T、C、A、G的平均含量分别为27.0%、17.5%、32.1%、23.4%,其中A含量最高,C含量最低,A+T含量(59.1%)明显高于C+G(40.9%);共发现变异位点8个,其中单变异位点7个,简约信息位点1个;检测到8个单倍型,平均遗传距离0.005,系统发生树未表现出单倍型之间有明显的遗传分化;种群的单倍型多样性、核苷酸多样性、平均核苷酸差异数分别为(0.620±0.046)SD、(0.001 84±0.001 51)SD、(0.788±0.582)SD,在猛禽中处于中等水平,且明显低于常见鸟类;错配分布及中性检验结果表明该种群符合急速扩张模型,历史上可能发生过一定程度的扩张事件.     

鲇细胞色素b基因序列分析

对4个种群的鲇（Silurus asotus）的线粒体DNA（mitochondrial DNA,mtDNA）细胞色素b（cytochrome b,Cytb）基因片段的500bp序列进行测定,经Clustal X同源排序后得400bp序列．结果表明：鲇种群内碱基的变异较低,雅砻江和涣阳河种群均为0,岷江种群为0．25％,乌江种群为1．25％．雅砻江和澳阳河种群只有1种单倍型,岷江和乌江种群有2种单倍型但单倍型间变异位点很少．雅砻江和涣阳河种群内无变异位点,岷江种群仅有1个变异位点,乌江种群有5个变异位点．结论：细胞色素b基因在鲇种群内是比较保守的,种群间的变异较大．     

东北粗皮蛙线粒体DNA遗传多样性分析

本文通过对东北粗皮蛙29个样本线粒体DNA控制区和细胞色素b基因部分序列分析,探讨其遗传多样性和种群遗传结构。PCR扩增和测序结果,获得587bp的线粒体DNA控制区序列和895bp的细胞色素b基因序列。合并线粒体DNA序列分析,共定义14个单倍型,16个变异位点,单倍型多样性(H)为0.704,核苷酸多样性(π)为0.001,平均核苷酸差异数为1.438,表明东北粗皮蛙遗传多样性较低。分子变异分析(AMOVA)结果表明,种群内变异占全部遗传变异的98.13%,群体间没有遗传分化(FST=0.0187),因此应加强对东北粗皮蛙野生种群的保护。     

鸡公山和桐柏山连翘遗传多样性分析

利用核基因片段,对鸡公山和桐柏山连翘野生种群20个个体进行了遗传多样性分析.核基因数据得到6个单倍型(A～F),单倍型多样,性指数为0.479±0.083,核酸多样性指数为0.001 47±0.000 37.桐柏山种群遗传多样性水平较高,为0.516±0.132,核酸多样性指数为0.00205±0.00067,鸡公山种...     

东北粗皮蛙线粒体 DNA 遗传多样性分析

本文通过对东北粗皮蛙29个样本线粒体DNA控制区和细胞色素b基因部分序列分析,探讨其遗传多样性和种群遗传结构。 PCR扩增和测序结果,获得587bp的线粒体DNA控制区序列和895bp的细胞色素b基因序列。合并线粒体DNA序列分析,共定义14个单倍型,16个变异位点,单倍型多样性（H）为0．704,核苷酸多样性（π）为0．001,平均核苷酸差异数为1．438,表明东北粗皮蛙遗传多样性较低。分子变异分析（AMOVA）结果表明,种群内变异占全部遗传变异的98．13％,群体间没有遗传分化（FST ＝0．0187）,因此应加强对东北粗皮蛙野生种群的保护。     

珠江流域野生黄颡鱼Pelteobagrus fulvidraco的Cyt b基因序列分析

利用PCR技术扩增得到珠江水系5个江段共190尾野生黄颡鱼Pelteobagrus fulvidraco样品的线粒体DNA细胞色素b(Cyt b)基因片段,并测定其序列,确定野生黄颡鱼的Cyt b基因片段全长为1 109 bp。在190尾样品中检测到43种不同的单倍型,单倍型多样性(Hd)和核苷酸多样性(Pi)分别为0.848 57和0.04 817,呈高单倍型、低核苷酸多样性的分布模式,表明其遗传多样性属于中等水平。利用Clustal-X 1.81和MEGA 5.0软件对190尾样品进行同源基因序列分析,其A+T含量(55.1%)显著高于G+C含量(44.8%),碱基组成差异不大,分布比较平均。使用最大似然率法构建分子系统发生树,结果表明都匀江段与左江江段的遗传分化程度最大(Fst=0.414 30)。AMOVA分析显示,珠江水系野生黄颡鱼的遗传变异均来自群体内,达到75.23%,表明地理因素对黄颡鱼的遗传分化产生了一定的影响,聚类结果与地理分布存在一定的相关性。中性检验结果表明,各群体间没有发生过种群扩张,种群数量相对稳定。     

北美五倍子蚜mtDNA COI基因序列遗传分化

通过测定北美五倍子蚜(Melaphis rhois)3个种群共32个个体的mtDNACOI基因部分序列,分析北美倍蚜种群的遗传结构和变异。在测得的683bp COI基因序列中有75个变异位点(占所测核苷酸序列的11.0%),4种核苷酸T、C、A、G的组成分别为40.2%、15.0%、32.5%和12.3%,具有较高的A+T含量72.7%。M.rhois 32个个体的COI基因序列共产生10个单倍型,其中两个单倍型为主体单倍型,除阿肯色的一个个体与新泽西的6个个体共享一个单倍型外,其余单倍型单独或由同一种群的个体共享。AMOVA分析显示,五倍子蚜种群内核苷酸多样度低,种群间的遗传变异较高,分化显著。TCS网络图和聚类关系显示,五倍子蚜不同单倍型按地理分布形成明显的簇群,其中俄亥俄种群的单倍型单独构成一个分支,与其余两个种群关系较远;俄亥俄种群与其他两种群间的遗传距离也比较大,该种群可能属于五倍子蚜的一个亚种或新种。     

基于rDNA部分序列的亚洲小车蝗遗传多样性分析

以核糖体DNA序列中一段基因为目的片段,对内蒙古地区15个地点的75个亚洲小车蝗样本进行了DNA序列的遗传多样性分析,通过与GenBank中已知蝗虫的核糖体DNA序列的对比、剪切得到288bp的目的片段序列.分析结果表明:在目的片段序列中共检测到19个变异位点,其中包括16个置换(11个颠换和5个转换)和3个碱基插入,占碱基总数的6.60%;目的序列显示出一定的GC偏好性.15个种群的FST在0.050 6~0.402 8之间,均值为0.149 5;基因流(Nm)在0.231 2~5.933 6之间,均值为1.988 0,表明15个小车蝗种群间存在遗传分化,基因交流处于中等水平.正镶白旗小车蝗种群的核苷酸多样性指数(Pi)和平均核苷酸差异数(K)在15个种群中最大,分别为0.028 0和8.000 0,表明正镶白旗种群相对于其他14个地理种群的种内变异度最高.在所测的75条序列中共有8种单倍型,其中正镶白旗和四子王旗小车蝗独享的两个单倍型与其他单倍型差异较大,表明正镶白旗和四子王旗的部分小车蝗个体的遗传变异度较大.Mantel检验表明,15个小车蝗种群的遗传距离与地理距离无显著的相关关系.     

基于线粒体细胞色素氧化酶Ⅰ亚基(COI)基因的两种枝吻纽虫系统发育关系分析

为了探讨纽虫之间的遗传差异及亲缘关系,对取自北海和湛江的中华枝吻纽虫(Dendrorhynchus sinensis)26个样本和湛江枝吻纽虫(Dendrorhynchus zhanjiangensis)3个样本的线粒体细胞色素氧化酶Ⅰ亚基(COI)基因部分片段进行序列测定,并结合从GenBank下载的其它纽虫序列,分析它们之间的系统发育关系。结果显示,中华枝吻纽虫26个个体共检测17个单倍型,湛江枝吻纽虫3个个体共检测到2个单倍型,其长度均为615bp;枝吻纽虫个体核苷酸序列A、T、G、C的含量相近,碱基组成均表现出A+T含量偏倚,即A+T含量明显高于G+C含量。中华枝吻纽虫的17个单倍型以及湛江枝吻纽虫的2个单倍型之间的遗传距离分别为0.002~0.013和0.008;而两种枝吻纽虫COI基因序列的遗传差异很大,彼此之间的遗传距离都在0.194以上,加之分子系统树(NJ)的拓扑结构也显示,作为同属的两种枝吻纽虫没有聚成1支,而是各自成支,这些表像都支持两种枝吻纽虫分别为独立有效物种的观点。中华枝吻纽虫的17个单倍型聚为1支后,与Cerebratulus marginatus,C.lacteus聚为1大支,而湛江枝吻纽虫的2个单倍型聚为1支后,与Lineus ruber和L.longissimus聚为1大支,表明枝吻纽虫属(Dendrorhynchus)并非单系。     

中国南部沿海美蓝拟相手蟹的群体遗传多样性研究

为探明中国南部沿海美蓝拟相手蟹（Parasesarma eumolpe）的群体遗传多样性，本文基于线粒体DNA的细胞色素氧化酶亚基Ⅰ（Cytochrome Oxidase Ⅰ，COⅠ）基因片段序列，对中国南部沿海8个美蓝拟相手蟹地理群体共95个个体进行群体遗传多样性分析。结果表明，美蓝拟相手蟹所有个体的线粒体COⅠ基因片段序列长度均为631 bp，共有49个单倍型，群体平均单倍型多样度为0.876 8±0.032 5，平均核苷酸多样度为0.042 2±0.026 3，表现为高水平的遗传多样性。单倍型邻接关系树的拓扑结构显示美蓝拟相手蟹群体没有分化出明显的单倍型类群，尚未形成显著的分支谱系；单倍型的网络关系图呈现出明显的星状结构，未表现出显著的地理谱系结构。分子方差分析（Analysis of Molecular Variance，AMOVA）和群体间的遗传分化指数F_st值结果表明，美蓝拟相手蟹群体在分布范围内尚未形成独立的遗传结构，遗传变异主要来自群体内。核苷酸不配对分布和中性检验结果表明，美蓝拟相手蟹在历史上经历了明显的群体扩张，扩张时间大约在14万年前。幼体阶段具较强的潜在扩散能力，群体间能进行频繁的基因交流，再加上群体扩张事件，可能是美蓝拟相手蟹群体间无显著遗传分化的原因。研究结果有助于揭示我国红树林潮间带相手蟹类种群遗传结构和分子系统地理学规律。     

基于mtDNA基因序列的北美五倍子蚜遗传多样性

对北美五倍子蚜9个种群156个个体的mtDNA基因部分序列进行了PCR扩增和测定,计算核苷酸组成和变异,分析其遗传变异和遗传结构,共获得M.rhois mtDNACytb和COI基因联合片段1 680bp,其中变异位点192个,简约信息位点162个;碱基G+C含量与A+T含量相比要低,碱基转换高于颠换;mtDNACytb和COI联合基因序列共获得86个单倍型。种群AMOVA分析显示,种群间变异高于种群内变异(FST=0.595 30,P0.05),说明M.rhois种群间遗传结构分化相对明显。TCS网络图显示,俄亥俄州克利夫兰种群比较特殊,与其余种群间的遗传距离和分化较大(FST值高),推测可能是M.rhois的一个新种。中性检测mtDNACytb和COI基因的Tajima’D值为正,并且单倍型歧点分布呈多峰型,说明M.rhois可能在历史上长期处于动态平衡之中,地理隔离可能是造成这一遗传结构特点的主要原因。     

5种蟹类线粒体Cyt b基因序列分析及其系统发育

为研究浙江沿海蟹类系统发育情况,对5种常见蟹类(n=28)的线粒体细胞色素b基因进行扩增,获得650 bp序列片段,其中8个红星梭子蟹样品中检测出4个单倍型,锐齿蟳、锈斑蟳和日本蟳样品中分别检测出2个单倍型,绵蟹中检测出1个单倍型;碱基T、C、A、G和A+T的平均含量分别为37.3%、19.8%、26.5%、15.8%和63.8%,A+T平均含量(63.8%)明显高于G+C(36.2%),符合后生动物线粒体基因碱基偏倚特性;5种蟹类种内遗传距离处于0.000~0.050,种间遗传距离为0.194~0.366,锐齿蟳与绵蟹种间遗传距离最高(0.366),锈斑蟳与日本蟳遗传距离最低(0.194)。通过邻接法构建分子系统树发现蟳属物种首先聚类,然后与同属于梭子蟹科的梭子蟹属物种聚类,最后与绵蟹科绵蟹物种聚类,与相应蟹类形态学分类结果一致。