克隆颜色鉴定结合5-氟乳清酸负筛提高三杂交系统筛库效率

酵母三杂交系统是新近发展起来的一个分析RNA结合蛋白的有力工具, 然而在利用该系统筛库过程中, 常会遇到大量假阳性克隆. 将克隆颜色鉴定与5-氟乳清酸负性筛选相结合, 运用到酵母三杂交系统的筛库过程中, 极大地提高了筛库的效率和对假阳性克隆的鉴别, 并已实现了对重要的RNA结合蛋白的筛选. 这一改进将大大方便该系统在分析RNA与蛋白的相互作用中的运用.     

人和鼠GRY-RBP cDNA的克隆

通过筛选人胎儿脑ｃＤＮＡ文库，克隆了编码一个新的ＲＮＡ结合蛋白的人ｃＤＮＡ，命名为ＧＲＹ－ＲＢＰ，人ＧＲＹ－ＲＢＰ ｃＤＮＡ的长度为２９３２ｂｐ，编码一个具６２３个氨基酸，分子量为６９．６ｋｕ的ＲＮＡ结合蛋白。ＧＲＹ－ＲＢＰ蛋白含有３个ＲＮＡ识别基序（ＲＮＡ Ｒｅｃｏｇｎｉｔｉｏｎ ｍｏｔｉｆｓ，ＲＲＭｓ）和一个富含甘氨酸（Ｇ）、精氨酸（Ｒ）、酷氨酸（Ｙ）的羧基端，经数据库比较发现该蛋白与许多ＲＲ     

小麦黄花叶病毒72ku蛋白在大肠杆菌中的表达及其抗血清制备

采用逆转录－ＰＣＲ方法，扩增获得小麦黄花叶病毒（ＷＹＭＶ）ＲＮＡ２上的７２ｋｕ蛋白基因，将其克隆到ｐＥＴ３０ａ（＋）上，构建了该基因的原核表达载体ｐＥＴＰ７２。ＳＤＳ－ＲＡＧＥ分析结果显示，经ＩＰＴＧ诱导，７２ｋｕ蛋白基因在大肠杆菌ＢＬ２１（ＤＥ３）ｐＬｙｓＳ中得到高效表达。以含表达产物的凝胶作为抗原，免疫家兔，首次制备了小麦黄花叶病毒ＲＮＡ２７２ｋｕ蛋白特异性抗血清。     

人脑胶质细胞瘤分化相关基因GDR1全长cDNA的克隆和鉴定

人脑胶质细胞瘤是严重危害人类健康的一类恶性肿瘤，选用在ＤＤＲＴ－ＰＣＲ研究中获得的１９个代表新基因的ＥＳＴ之一设计筛库引物，在人ＣＤＮＡＹ语文加中筛出一长度为１５３５ｂｐ的ＣＤＮＡ克隆，其开放读码框码３３４个氨基酸，与已知蛋白无明显同源性属一新发现的ＧｅｎＢａｎｋ接受号为ＡＦ０６８１９５．ＲＴ－ＰＣＲ显示该 物在分化后的ＢＴ－３２５中的表达量明显高于分化前的细胞，暗示该蛋白可能与脑     

人LDB1 cDNA的分离与克隆

根据与鼠ＬＩＭ结构域结构蛋白Ｌｄｂ１有较高一致性人ＥＳＴＡＡ４５２７３４设计筛库引物，在人胎脑ｃＤＮＡ文库中筛出一长度为２３９８ｂｐ的ｃＤＮＡ克隆。其开放读码框编码３４７个氨基酸与鼠Ｌｄｂ１、爪蟾ＸＬｄｂ１及果蝇Ｃｈｉｐ蛋白高度同源，含ＬＩＭ相互作用结构域及核定位信号。     

Nelin的肌动蛋白结合特性及与其相互作用蛋白质的筛选

为了研究人新基因nelin及其心肌表达产物Nelin蛋白的生物特性, 并寻找能够与其发生相互作用的蛋白质, 对Nelin蛋白的全长及其部分结构域进行了肌动蛋白结合共沉淀实验, 并在真核细胞内进行了免疫荧光共定位实验. 结果发现, 在体外共沉淀和细胞内共定位实验中Nelin均表现出同肌动蛋白相结合的能力. 进一步采用酵母双杂交的方法将Nelin与人心脏cDNA文库进行杂交筛选, 得到了3个阳性克隆分别为细丝蛋白(Filamin)C亚型、肌联蛋白(Titin)N2B亚型和α胰蛋白酶抑制物重链前体 (ITIH). 通过免疫共沉淀实验, 验证了Nelin能够同Filamin的羧基末端免疫球蛋白样结构发生相互作用. 通过上述实验证明了Nelin为一个新的肌动蛋白结合蛋白, 并且能够同Filamin相结合. 由此推论新基因nelin的心肌表达产物Nelin是一个细胞骨架相关蛋白并且很可能作为一个膜-细胞骨架连接蛋白, 起到了参与细胞黏着斑形成的过程.     

玉米Cat1基因顺式元件ABRE2结合蛋白ABP9的基因克隆及功能分析

构建了授粉后17d(17dpp)的玉米幼胚cDNA基因文库，用玉米Catl基因顺式元件ABRE2通过酵母单杂交的方法筛选文库，获得3个完全相同的阳性克隆，命名为ABP9，用5′RACE的方法得到了该基因的全长cDNA序列，研究结果表明，ABP9属于bZIP类转录因子，与玉米Catl基因顺式元件ABRE2具有结合特异性，且在酵母细胞中具有转录激活功能。     

Nelin的肌动蛋白结合特性及与其相互作用

为了研究人新基因nelin及其心肌表达产物Nelin蛋白的生物特性, 并寻找能够与其发生相互作用的蛋白质, 对Nelin蛋白的全长及其部分结构域进行了肌动蛋白结合共沉淀实验, 并在真核细胞内进行了免疫荧光共定位实验. 结果发现, 在体外共沉淀和细胞内共定位实验中Nelin均表现出同肌动蛋白相结合的能力. 进一步采用酵母双杂交的方法将Nelin与人心脏cDNA文库进行杂交筛选, 得到了3个阳性克隆分别为细丝蛋白(Filamin)C亚型、肌联蛋白(Titin)N2B亚型和a胰蛋白酶抑制物重链前体 (ITIH). 通过免疫共沉淀实验, 验证了Nelin能够同Filamin的羧基末端免疫球蛋白样结构发生相互作用. 通过上述实验证明了Nelin为一个新的肌动蛋白结合蛋白, 并且能够同Filamin相结合. 由此推论新基因nelin的心肌表达产物Nelin是一个细胞骨架相关蛋白并且很可能作为一个膜-细胞骨架连接蛋白, 起到了参与细胞黏着斑形成的过程.     

CD2胞内区结合蛋白的分子克隆与鉴定

为了探讨ＣＤ２分子的信号传递功能，以编码ＣＤ２胞内区（Ｔｈ４２１１－Ｇｌｎ３３６）肽段的ｃＤＮＡ为“钓饵”，采用酵母双杂交系统从激活的人Ｔ淋巴细胞ｃＤＮＡ文库中筛选与之相互作用蛋白ｃＤＮＡ序列，并采用免疫共沉淀法鉴定该蛋白在体内ＣＤ２胞内区结合的特异性，克隆并鉴定了一个与ＣＤ２胞内区特异性结合的胸内蛋白分子与ｖ－ｆｏｓ转化效应蛋白（Ｆｔｅ－ｌ）同源，Ｆｔｅ－１参与细胞转化、生长、蛋白合成及向线粒体     

拟南芥钙调素结合蛋白激酶的克隆和特性分析

通过筛选拟南芥cDNA文库结合RACE的方法，克隆了一个全长cDNA-AtCBK1.Northem杂交和mRNA原位分析表明该基因在生长旺盛的部位和维管组织中大量表达。利用昆虫细胞表达系统，表达并纯化了重组蛋白AtCBK1，钙调素结合实验和自磷酸化、底物磷酸化分析直接证明了其酶活性受钙/钙调素调控，毛细管电泳检测其自磷酸化氨基酸为苏氨酸。系统进行分析推测AtCBK1可能来源于一个古老的CRK，与动物的CaMK在进化上可能来自不同的祖先。结果充分说明AtCBK1编码一个拟南芥中全新类型的钙调素结合的丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶。     

生物活性小分子与靶点相互作用研究中的新方法和新技术

活性小分子与靶蛋白的相互作用是生命中基本的相互作用之一，因而靶蛋白和活性小分子的筛选是生命有机化学及药物化学研究的重要内容，在活性小分子筛选方面，细胞印迹、以核磁共振为基础的结构活性关系研究及反双杂交系统分别是以细胞，靶蛋白及蛋白间的相互作用为靶点的高通量、快速的筛选方法，另外，在由活性小分子鉴定靶蛋白的研究中，三杂交系统、功能表达克隆及药物印迹等方法大大加速了靶蛋白的鉴定进程；而展示克隆方法可以     

棉属D基因组棉种着丝粒FISH标记的筛选初报

为了筛选着丝粒探针, 在棉花染色体荧光原位杂交中标记染色体着丝粒区域, 以便于构建棉花粗线期染色体细胞遗传学图谱. 在棉花遗传连锁图上选择尽可能接近着丝粒区的单拷贝的分子标记, 以海岛棉pima 90-53的BAC文库为素材, 采用两维筛库法从该文库中筛选BAC克隆, 然后用BAC-FISH技术进行染色体定位检测. 用10号染色体长臂末端的SSR引物BNL3563筛选到一个BAC克隆150D24, 该克隆在四倍体陆地棉和海岛棉部分染色体着丝粒区有杂交信号, 但信号强度不高. 以二倍体D基因组为靶DNA进行FISH时, 染色体着丝粒区有明显信号, 但是以二倍体A, C, E等基因组棉种染色体为靶DNA进行FISH时, 染色体着丝粒区未发现杂交信号. BAC克隆150D24可能含有D组特有卫星重复序列, 可用作棉属D基因组棉种(包括四倍体棉种D亚组)的着丝粒FISH探针.     

水稻全生育期均一化cDNA文库的构建和鉴定

以优良杂交水稻的恢复系明恢63为材料，构建覆盖水稻基因组的cDNA文库，用于功能基因组的研究。选择水稻全生育期过程的9个时期的不同组织和病原诱导的组织分别构建了15个定向cDNA文库。依据基因组DNA饱和杂交的原理，将从15个独立的cDNA文库中提取的质粒混合，并与固定有磁珠上具有互补性的2份基因组DNA亲和体系饱和杂交，收集杂交组分中的质粒并重新转化大肠杆菌，获得全生育期均一化cDNA文库。该文库平均插入片段1.4kb，含62000个克隆子。反向Northem杂交显示，该文库收集了众多表达丰度极低的基因以及特异表达的基因。对文库中随机的10750个克隆进行了测序，序列分析比较后获得6399条非重复的EST(expressed sequence tag)序列，非重复序列占59.5％。目前，用该文库制作的cDNA芯片已被用于功能基因组的研究。     

CD2胞内区结合蛋白的分子克隆与鉴定

为了探讨 ＣＤ２分子的信号传递功能，以编码ＣＤ２胞内区（Ｔｈｒ２１１－Ｇ１ｎ３３６）肽段的ｃＤＮＡ为“钓饵”，采用酵母双杂交系统从激活的人Ｔ淋巴细胞ｃＤＮＡ文库中筛选与之相互作用蛋白的ｃＤＮＡ序列．并采用免疫共沉淀法鉴定该蛋白在体内与ＣＤ２胞内区结合的特异性．克隆并鉴定了一个与ＣＤ２胞内区特异性结合的胞内蛋白分子，与ｖ－ｆｏｓ转化效应蛋白（Ｆｔｅ－１）同源 Ｆｔｅ－１参与细胞转化、生长、蛋白合成及向线粒体转运蛋白质．蛋白数据库检索表明，Ｆｔｅ－１具有蛋白激酶ＰＫＣ的结合与作用位点，提示Ｆｔｅ－１参与ＣＤ２分子介导的信号传递     

DREB转录因子在提高植物抗逆性中的作用

拟南芥ｒｄ２９Ａ基因编码一种与ＬＥＡ蛋白相似的亲水性很强的蛋白，该基因的表达受干旱、高盐及低温的诱导、ｒｄ２９Ａ基因启动子区域中的有两个与上述环境胁迫应答有关的ＤＲＥ顺式作用元件，利用ｒｄ２９Ａ基因启动子的ＤＲＥ顺式作用元件和酵母Ｏｎｅ－Ｈｙｂｒｉｄ方法，两类与ＤＲＥ元件特异结合，在低温或干旱、调卤胁迫条件下调控报道基因表达的南芥ＤＲＥＢ转录因子被克隆及鉴定，分别定名为ＤＲＥＢ１Ａ￣Ｃ和ＤＲＥＢ２     

应用抑制差减杂交法分离水稻幼穗发育早期特异表达的基因

以水稻茎尖分生组织为对照群体，幼穗分生组织为目标群体，进行抑制差减杂交。用经过ＳＡＭ ｃＤＮＡ差减的Ｐｂ／Ｓｂ ｃＤＮＡ群体构建了一个差减文库，通过差示筛选鉴定了４０个在Ｐｂ／Ｓｂ中特异表达或表达增强的候选克隆，Ｎｏｒｔｈｅｒｎ杂交验证，至少４０％的候选克隆代表了在Ｐｂ／Ｓｂ中特异表达或表达增强的基因，同时，相当一部分克隆为你荐度转录本。对４０个ｃＤＮＡ克隆单向测序后，与ＧｅｎＢａｎｋ中同源序列进     

蛋白质功能环区肽库的合理筛选

改变蛋白环区序列是功能蛋白质设计的重要方法，运用环区数据库的最新统计结果，凭借精确快速的环区构象计算程序，将分子对接算法与组合化学策略结合，提出了用计算机模拟筛选组合肽库以获得功能蛋白的合理方法。     

水稻紫黄质脱环氧化酶基因的克隆、体外表达及酶促反应

从水稻中克隆了紫黄质脱环氧化酶（VDE）基因，其全长cDNA序列为1887bp，编码446个氨基酸，其中转运肽长98个氨基酸，构建了该基因的原核表达载体pET-Rvde，在0.4mmol/L IPTG的诱导下，外源蛋白大量表达，其分子量与天然的VDE蛋白一致，表达量随诱导时间而增加。Western杂交表明表达蛋白与VDE的多克隆抗体有免疫反应，将表达蛋白用于紫黄质的脱环氧化反应，吸收光谱及HPLC分析结果表明，表达蛋白能在体外催化紫黄质转变成为玉米黄质和环氧玉米黄质。     

水稻金属硫蛋白核基因的克隆及其序列特征

经ＲＮＡ杂交分析发现ｒｉｃＭＴ基因在水稻茎部高效特异表达，其表达是叶片中的１００多倍，暗示出该基因的５‘上游可能贮藏着１个高效特异表达的启动子。为了弄清ｒｉｃＭＴ基因的表达调控及启动子结构特征，从水稻基因组文库中筛选出ｒｉｃＭＴ的核基因克隆，并测出了４０８４ｂｐ序列，其中包括２９７０ｂｐ的５‘上游区，约６９０ｂｐ的转录区和４２０ｂｐ的３’下游区。     

人神经生长因子β亚基的基因在P.pastoris和E.coli中的表达

将hNGFB基因插入甲醇营养性酵母P .pastoris分泌表达载体pHIL S1和E .coli表达载体pET 15b中 ,相应转化P .pastorisGS115 (Mut+,His- )和E .coliBL2 1(DE3 ) .在不含组氨酸平板上生长的酵母转化子通过PCR进一步筛选阳性克隆 ,P .pastoris重组菌株的蛋白电泳表明发酵液中有特异表达带 ,扫描分析占细胞外泌总蛋白的 14 .4% ,Westernblotting证实该分泌蛋白具有hNGF的免疫活性 .E .coli重组菌株在IPTG的诱导下表达融合蛋白 .电泳扫描分析表达的融合蛋白占细胞总蛋白量的 10 .3 % ,Westernblotting检测表明具有免疫活性 .