| 基于SVM-RFE的水稻抗病基因筛选 |
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| 引用本文： | 付媛,王岩,周柚,张帆,王珏鑫,梁艳春. 基于SVM-RFE的水稻抗病基因筛选[J]. 吉林大学学报(理学版), 2011, 49(6): 1101-1104 |
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| 作者姓名： | 付媛 王岩 周柚 张帆 王珏鑫 梁艳春 |
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| 作者单位： | 1. 吉林大学 计算机科学与技术学院, 长春 130012； 2. 吉林大学 数学学院, 长春 130012 |
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| 基金项目： | 国家自然科学基金(批准号:61073075;60903097); 国家高技术研究发展计划863项目基金(批准号:2009AA02Z307); 教育部博士点基金(批准号:20090061120094); 吉林省青年基金(批准号:20090116) |
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| 摘 要： | 提出一种改进的回归特征消去支持向量机特征选择方法(SVM-RFE)对水稻的抗病基因进行筛选. 实验结果表明: 在预测得到的20个与水稻抗病/敏感相关基因中, 有3个基因与已知的水稻抗病基因紧密相关； 2个基因与已知的水稻抗病基因有一定的相关性. 通过该方法能找到影响水稻生长状态（正常/染病）的基因.
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| 关 键 词： | 回归特征消去支持向量机； 基因筛选； 水稻抗病 |
| 收稿时间： | 2011-02-26 |
Disease Resistance Related Gene Screening in Oryza sativa Using SVM-RFE |
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| FU Yuan,WANG Yan,ZHOU You,ZHANG Fan,WANG Yu-xin,LIANG Yan-chun. Disease Resistance Related Gene Screening in Oryza sativa Using SVM-RFE[J]. Journal of Jilin University: Sci Ed, 2011, 49(6): 1101-1104 |
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| Authors: | FU Yuan WANG Yan ZHOU You ZHANG Fan WANG Yu-xin LIANG Yan-chun |
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| Affiliation: | 1. College of Computer Science and Technology, Jilin University, Changchun 130012, China；2. College of Mathematics, Jilin University, Changchun 130012, China |
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| Abstract: | An improved support vector machine recursive feature extraction(SVM-RFE) algorithm was used to screen the disease resistance genes.In the 20 important genes,we found that 3 of them have strong relation to the disease resistance as reported and 2 of them have relation to the stress response.It shows that this method can find out which genes could impact the rice growth status(normal/disease).It might provide a guide on finding other unknown rice disease resistance/sensibility genes in biology. |
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| Keywords: | support vector machine recursive feature elimination(SVM-RFE) gene screening rice disease resistance |
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