白鹭基因组微卫星分布规律研究 |
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引用本文: | 黄杰,杨波,贾银平,杨承忠.白鹭基因组微卫星分布规律研究[J].重庆师范大学学报(自然科学版),2019,36(5):66-71. |
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作者姓名: | 黄杰 杨波 贾银平 杨承忠 |
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作者单位: | 商丘师范学院生物与食品学院,河南商丘,476000;中国大熊猫保护研究中心,四川都江堰611830;大熊猫国家公园珍稀动物保护生物学国家林业和草原局重点实验室,四川都江堰611830;重庆师范大学生命科学学院重庆市动物生物学重点实验室,重庆,401331 |
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基金项目: | 国家自然科学基金;重庆市自然科学基金;重庆市自然科学基金;重庆市留学人员回国创业创新支持计划;国家科研启动基金 |
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摘 要: | 【目的】研究白鹭(Egretta garzetta)的全基因组微卫星分布规律。【方法】利用生物信息学方法对已报道的白鹭全基因组进行查询和分析。【结果】白鹭全基因组中1~6个碱基重复的微卫星有255 630个,序列总长度为4 282 844bp,占全基因序列长度的0.37%。不同重复类型的微卫星中,单碱基的数量最多,有207 108个,占全部类型的81.0%;然后依次是二碱基、三碱基、四碱基、五碱基、六碱基,分别占全部类型的6.4%,5.3%,4.9%,2.0%和0.4%。A,C,AC,AT和AG是白鹭基因组微卫星序列中重复数量较多的拷贝类型,占全部重复类型的87.4%。在白鹭基因组中,按降序排列,重复类型出现次数超过1 000次的有17个,分别是T,A,AT,G,C,AC,GT,ATT,AAT,ATTT,AGG,AAAC,CCT,AAAT,CT,GTTT和AG,占全部微卫星数量的92.7%。【结论】研究结果对白鹭微卫星的筛选及深入研究提供了数据支持。
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关 键 词: | 白鹭 微卫星 基因组 分布规律 |
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