| 酵母基因启动子序列结构与转录频率的关联性分析 |
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| 引用本文： | 胡俊,潘志锋,张静.酵母基因启动子序列结构与转录频率的关联性分析[J].云南大学学报(自然科学版),2010,32(5):594-600. |
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| 作者姓名： | 胡俊 潘志锋 张静 |
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| 作者单位： | 1. 云南大学 生命科学院 生物资源保护与利用重点实验室, 云南 昆明 650091;
2. 云南大学 统计系, 云南 昆明 650091 |
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| 摘 要： | 分别基于Markov链模型、频率分析和加权Markov链模型分析k-mer(主要考虑k=6的情形)在DNA序列中的使用情况,并以此定义模糊相对熵度量2个DNA序列结构的差异程度.将转录频率较低的启动子序列作为对照,分析其它转录频率不同的酵母基因启动子序列与对照序列中k-mer隶属度的模糊相对熵的变化,发现基因转录频率与模糊相对熵存在线性正相关关系.一般地,转录频率相差越大的基因,其启动子序列结构的差异越明显.这提示酵母基因启动子序列结构与基因转录频率有一定关联性.与Markov链模型和频率分析法比较,加权Markov链模型的模糊相对熵能更有效地度量基因启动子序列结构的差异.
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| 关 键 词： | 酵母基因 启动子 转录频率 加权Markov链模型 模糊相对熵 |
| 收稿时间： | 2009-11-21 |
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