| Linux平台下EST序列分析系统的构建应用实例 |
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| 引用本文： | 李校,江明锋,张义正.Linux平台下EST序列分析系统的构建应用实例[J].四川大学学报(自然科学版),2005,42(1):153-157. |
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| 作者姓名： | 李校 江明锋 张义正 |
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| 作者单位： | 四川大学生命科学学院,四川省分子生物学及生物技术重点实验室,成都,610064;四川大学生命科学学院,四川省分子生物学及生物技术重点实验室,成都,610064;四川大学生命科学学院,四川省分子生物学及生物技术重点实验室,成都,610064 |
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| 基金项目： | 国家自然科学基金(30170513)，高等学校博士点专项基金(20010610025) |
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| 摘 要： | 利用抑制削减杂交和基因芯片技术获得一批黄孢原毛平革菌特异表达的SET序列，使用Phrap、EMBOSS、B1ast、GENSCAN、MZEF软件，基于Linux操作系统，构建EST序列分析系统，完成了从EST和基因组Blast数据库的构建，载体序列的去除，EST序列的分类和组装，EST序列在基因组上的定位，外显子和内含子的识别以及基因预测，并通过使用perl语言结合bioperl模块写的脚本程序使分析过程自动化，从而可以快速地对大批EST序列进行分析，为克隆相关基因及研究黄孢原毛平革菌功能基因组学提供有用的信息。
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| 关 键 词： | 黄孢原毛平革菌 EST序列分析 生物信息学 基因预测 Linux操作系统 |
| 文章编号： | 0490-6756(2005)01-0153-05 |
Construction of EST Sequence Analysis System Based on Linux and Its Application to Manage the Data from SSH |
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| LI Xiao,JIANG Ming-feng,ZHANG Yi-zheng.Construction of EST Sequence Analysis System Based on Linux and Its Application to Manage the Data from SSH[J].Journal of Sichuan University (Natural Science Edition),2005,42(1):153-157. |
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| Authors: | LI Xiao JIANG Ming-feng ZHANG Yi-zheng |
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| Institution: | LI Xiao,JIANG Ming-feng,ZHANG Yi-zheng Molecular Biology and Biotechnology,Chengdu 610064,China) |
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| Abstract: | |
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| Keywords: | phanerochaete chrysosporium EST analysis bioinformatics gene prediction Linux operating system |
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