| 共有基因模块构建大规模基因调控网络 |
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| 引用本文： | 刘飞,王天丽,高红艳,卫泽刚,张磊,钱郁.共有基因模块构建大规模基因调控网络[J].宝鸡文理学院学报(自然科学版),2021,41(3):80-87. |
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| 作者姓名： | 刘飞 王天丽 高红艳 卫泽刚 张磊 钱郁 |
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| 作者单位： | 宝鸡文理学院物理与光电技术学院,陕西宝鸡721016;宝鸡文理学院先进钛合金与功能涂层协同创新中心,陕西宝鸡721016;宝鸡文理学院物理与光电技术学院,陕西宝鸡721016 |
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| 摘 要： | 目的 提出一种利用共有基因模块构建大规模基因调控网络算法(Common Gene Mod-ules Network,CGMN),有效降低传统基因调控网络构建基因节点规模较大的基因调控网络(包含几百个,甚至几千个基因节点)时时间复杂度过大的缺陷.方法 CGMN算法从基因表达数据出发,采用6种常用聚类算法把基因表达模式相似的基因聚类成功能模块,找出6种聚类方法的共有模块,并将其作为功能模块基因节点,采用局部贝叶斯网络(Local Bayesian Network,LBN)算法构建功能模块基因-基因调控网络.结果 与结论 大规模细胞周期基因表达数据集上仿真实验结果表明,搜索共有模块压缩基因节点数目策略,能够有效降低大规模基因调控网络重构时间复杂度,且验证了CGMN算法构建大规模基因调控网络的有效性.
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| 关 键 词： | 基因调控网络 基因表达数据 共有基因模块 聚类 |
Building large-scale gene regulatory networks based on the common gene modules |
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| LIU Fei,WANG Tian-li,GAO Hong-yan,WEI Ze-gang,ZHANG Lei,QIAN Yu.Building large-scale gene regulatory networks based on the common gene modules[J].Journal of Baoji College of Arts and Science(Natural Science Edition),2021,41(3):80-87. |
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| Authors: | LIU Fei WANG Tian-li GAO Hong-yan WEI Ze-gang ZHANG Lei QIAN Yu |
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