| GFPT2基因系统发育与功能生物信息学分析 |
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| 引用本文： | 魏思昂,丁志文,冯焱. GFPT2基因系统发育与功能生物信息学分析[J]. 科学技术与工程, 2021, 21(21): 8814-8821 |
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| 作者姓名： | 魏思昂 丁志文 冯焱 |
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| 作者单位： | 山西农业大学生命科学学院,太谷030801;复旦大学中山医院上海市心血管病研究所,上海200032;复旦大学中山医院上海市心血管病研究所,上海200032;山西农业大学生命科学学院,太谷030801 |
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| 基金项目： | 山西省回国留学项目 (2017-067)；国家自然科学基金 (No.: 81700256). |
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| 摘 要： | GFPT2作为己糖胺代谢重要的转录因子,在动物的多种疾病发生发展中起着重要作用。利用生物信息学方法对GFPT2蛋白的组分、功能、正选择位点及其分子进化进行了详细的分析。结果表明:13条不同物种氨基酸序列组分分析显示亮氨酸占比最高为9.86%,含量最低的氨基酸为色氨酸(0.15%),平均长度为664.8。系统进化树和结构域显示人和猴子的亲缘性最近,其次是大鼠、小鼠,所有氨基酸均包含两个SIS保守结构域。混合效应-演化模型(mixed effects model of evolution, MEME)和固定效应(fixed effects likelihood, REL)方法共发现8个正选择位点。基因本体论(gene ontology, GO)功能富集分析发现GFPT2主要参与GFPT酶活性、蛋白结合、碳水化合物衍生物结合方面发挥作用等生物学过程。京都基因与基因组百科全书(Kyoto encyclopedia of gene and genomes, KEGG)分析显示差异基因主要参与氨基糖和核苷酸糖代谢,丙氨酸、天冬氨酸和谷氨酸代谢,胰岛素抵抗3条信号通路。并且筛选到与GFPT2相互作用的10个基因:GFPT1、GLUL、GNPDA1、GNPNAT1、GPI、HK1、MPI、PPAT、AMDHD2、CAD。研究结果可以为GFPT2分子功能的深层次研究提供一定的借鉴作用,对进一步探究由己糖胺代谢导致的代谢异常及心血管疾病治疗具有重要的现实意义。
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| 关 键 词： | GFPT2 正选择位点 代谢 心血管疾病 基因本体论(GO)富集 |
| 收稿时间： | 2020-12-30 |
| 修稿时间： | 2021-05-21 |
Bioinformatics analysis of GFPT2 gene and its correlation with cardiac hypertrophy |
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| Wei Siang,Ding Zhiwen,Feng Yan. Bioinformatics analysis of GFPT2 gene and its correlation with cardiac hypertrophy[J]. Science Technology and Engineering, 2021, 21(21): 8814-8821 |
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| Authors: | Wei Siang Ding Zhiwen Feng Yan |
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| Affiliation: | shanxi agricultural university |
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| Abstract: | |
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| Keywords: | GFPT2, Positive selection sites, metabolism, cardiovascular disease, GO enrichment |
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