| 密码子上下文关联与蛋白质二级结构 |
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| 引用本文： | 胡秀珍,黄延昭,肖奕.密码子上下文关联与蛋白质二级结构[J].内蒙古大学学报(自然科学版),2004,35(4):408-412. |
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| 作者姓名： | 胡秀珍 黄延昭 肖奕 |
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| 作者单位： | 1. 内蒙古大学物理系,呼和浩特,010021;内蒙古工业大学物理系,呼和浩特,010062
2. 华中科技大学物理系,武汉,430074 |
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| 基金项目： | 国家自然科学基金资助(90103031)，内蒙古自然科学基金资助(20001301) |
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| 摘 要： | 对人(Homo sapiens)117个蛋白质和大肠杆菌(Ecoli)的87个蛋白质的各二级结构相对应的mRNA序列中的密码子上下文关联作了统计分析，发现它们的使用对不同种属的蛋白质二级结构有不同的偏好，对同一种属蛋白质的不同二级结构也有不同的偏好．与密码子和单碱基关联的结果比较，说明密码子上下文关联可以更加准确地预测蛋白质二级结构．
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| 关 键 词： | 蛋白质二级结构 同义密码子 密码关联 稀有密码子 |
| 文章编号： | 1000-1638(2004)04-0408-05 |
| 修稿时间： | 2003年1月5日 |
Codon Context and Protein Secondary Structure |
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| HU Xiu-zhen.Codon Context and Protein Secondary Structure[J].Acta Scientiarum Naturalium Universitatis Neimongol,2004,35(4):408-412. |
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| Authors: | HU Xiu-zhen |
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| Institution: | HU Xiu-zhen~ |
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| Abstract: | The contexts of codons in mRNA sequences corresponding to the secondary structures of 117 Human and 87 Ecoli proteins are statistically analyzed. It is shown that the usage context of codons are biased in the same type of secondary structures of proteins of different species and in different types of secondary structures of proteins of the same species.Comparing with the correlation base and codons,the result implies that the contexts of codons can provide additional information for predicting the secondary structures of proteins. |
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| Keywords: | secondary structure of protein context of codons synonymous codon rare codon |
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