| 云南松转录组SSR的分布及其序列特征 |
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| 引用本文： | 蔡年辉,许玉兰,徐杨,邓丽丽,周丽,王大玮,何承忠,段安安. 云南松转录组SSR的分布及其序列特征[J]. 云南大学学报(自然科学版), 2015, 37(5): 770-778. DOI: 10.7540/j.ynu.20150206 |
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| 作者姓名： | 蔡年辉 许玉兰 徐杨 邓丽丽 周丽 王大玮 何承忠 段安安 |
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| 作者单位： | 1.西南林业大学 云南省高校林木遗传改良与繁育重点实验室 云南 昆明 650224; |
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| 摘 要： | 分析云南松转录组中的SSR位点信息的分布及其序列特征,为SSR引物的开发做前期工作.从80000条转录组Unigene序列中,搜索到2455个SSR,出现频率为3.07%,分布的平均距离29 kb.SSR以三、二核苷酸占优势,分别占总数42.73%和27.25%,而以四核苷酸的较少,仅占总数的0.98%.重复片段长度12~25bp,其中近90%的集中在12~20bp,平均16.09bp.AT/AT与AGC/CTG和AAG/CTT为二、三核苷酸优势重复基元,分别占基元总数的16.66%、9.65%和8.39%.从2899对引物中随机挑选32对引物用于检测,24对成功扩增.云南松转录组SSR位点出现的频率较高,分布距离较近,基元类型丰富,重复次数较高,具有较高的多态性潜力.云南松转录组产生的Unigene是开发SSR的有效来源,获得的SSR引物可为云南松种质资源的遗传变异研究提供更多的标记.
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| 关 键 词： | 云南松 SSR 转录组 |
| 收稿时间： | 2015-04-21 |
The distribution and characteristics of SSR in transcriptome of Pinus yunnanensis |
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| CAI Nian-hui,XU Yu-lan,XU Yang,DENG Li-li,ZHOU Li,WANG Da-wei,HE Cheng-zhong,DUAN An-an. The distribution and characteristics of SSR in transcriptome of Pinus yunnanensis[J]. Journal of Yunnan University(Natural Sciences), 2015, 37(5): 770-778. DOI: 10.7540/j.ynu.20150206 |
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| Authors: | CAI Nian-hui XU Yu-lan XU Yang DENG Li-li ZHOU Li WANG Da-wei HE Cheng-zhong DUAN An-an |
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| Affiliation: | 1.Southwest Forestry University, Key Laboratory for Forest Genetic and Tree Improvement & Propagation, Universities of Yunnan Province Kunming 650224, China; |
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