| 基于D2shepp统计法的非序列局部比对 |
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| 引用本文： | 刘雪梅,文德华,於黄忠,高亚妮. 基于D2shepp统计法的非序列局部比对[J]. 华南理工大学学报(自然科学版), 2012, 40(8) |
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| 作者姓名： | 刘雪梅 文德华 於黄忠 高亚妮 |
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| 作者单位： | 华南理工大学物理系,广东广州,510640 |
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| 基金项目： | 国家自然科学基金资助项目，华南理工大学中央高校基本科研业务费专项资金资助项目 |
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| 摘 要： | 两条生物序列间的相似性比对是计算生物学探讨的主要问题之一,一种快速的依赖于k-元组的D2shepp统计法目前已被应用到非序列比对中.文中在零模型的基础上产生两条相互独立的随机序列,基于D2shepp统计法进行了两条序列的局部比对,找到局部比对的最优值并求和.在此基础上模拟了Power值的分布情况,并分析了不同k参数下的Power值分布.在相同参数下将文中提出的局部比对与已有的D2shepp统计的全局比对进行比较,发现局部比对D2shepp统计的Power值随着序列长度的增大而快速地接近于1,比全局比对更加快速、准确.
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| 关 键 词： | 非序列比对 D2shepp统计法 局部比对 Power值 |
Local Alignment-Free Sequences Based on D2shepp Statistics |
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| Liu Xue-mei,Wen De-hua,Yu Huang-zhong,Gao Ya-ni. Local Alignment-Free Sequences Based on D2shepp Statistics[J]. Journal of South China University of Technology(Natural Science Edition), 2012, 40(8) |
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| Authors: | Liu Xue-mei Wen De-hua Yu Huang-zhong Gao Ya-ni |
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