| RNA二级结构预测的模糊模型 |
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| 引用本文： | 宋丹丹,邓志东.RNA二级结构预测的模糊模型[J].中国科学(E辑),2007,37(10):1285-1303. |
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| 作者姓名： | 宋丹丹 邓志东 |
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| 作者单位： | 清华大学计算机科学与技术系,信息科学与技术国家实验室,北京,100084 |
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| 基金项目： | 国家自然科学基金;教育部高等学校优秀青年教师教学科研奖励计划 |
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| 摘 要： | 基于模糊集合理论，提出了RNA二级结构预测的模糊模型．该模型通过状态空间的模糊分割以及模糊目标的引入等，可有效利用模糊动态规划算法给出该模糊模型的最优决策序列，并进而获得待预测RNA最优与次优的二级结构．基于模糊模型的方法具有许多优点，如计算复杂性的降低，最优与多个次优二级结构的一并获得，以及定性先验知识的有效融入等．完整地给出了RNA二级结构的模糊模型及其计算方法，并进行了具体的实现．将一个具体的BJK模糊模型结构实际应用于tRNA及tmRNA的数据集中，并与基于最小自由能的mfold工具以及基于SCFG的BJK文法模型进行了比较研究．实验结果表明该模型的有效性，相应的预测精度得到了进一步的提高．
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| 关 键 词： | RNA二级结构预测 模糊模型 模糊动态规划 |
| 收稿时间： | 2006-12-19 |
| 修稿时间： | 2007-01-09 |
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