| 短丝木犀转录组测序及类胡萝卜素生物合成相关基因表达分析 |
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| 引用本文： | 陈林,李龙娜,戴亚平,杨国栋. 短丝木犀转录组测序及类胡萝卜素生物合成相关基因表达分析[J]. 南京林业大学学报(自然科学版), 2016, 59(5): 21-28. DOI: 10.3969/j.issn.1000-2006.2016.05.004 |
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| 作者姓名： | 陈林 李龙娜 戴亚平 杨国栋 |
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| 作者单位： | 1. 南方现代林业协同创新中心,南京林业大学生物与环境学院,江苏 南京 210037; 2. 南京农业大学农业生物学虚拟仿真实验教学中心,江苏 南京 210095 |
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| 基金项目： | 国家自然科学基金项目(31300558)，江苏省基础研究计划项目(BK20130972)，江苏高校优势学科建设工程资助项目(PAPD)，南京林业大学高学历人才基金项目(GXL201308) |
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| 摘 要： | 短丝木犀(Osmanthus serrulatus)是我国特有的木犀属香花树种,具有极高的开发应用前景。笔者以短丝木犀为研究材料,应用Illumina HISeqTM2000高通量测序平台,对短丝木犀的花和叶芽进行转录组深度测序和拼接组装,构建和预测了短丝木犀不同组织间的基因表达谱及其代谢通路。转录组测序共获得16.94 G的有效数据,经Trinity从头组装得到 92 798条单基因簇(unigenes),其中35 851条unigenes与Nr、Nt、Pfam、KOG、Swiss-Prot、KEGG、PFAM等7大公共数据库比对获得了基因功能注释信息。由KEGG 代谢通路分析发现,共有8 779条unigenes参与到262个代谢通路中,其中参与到色素和香味代谢的基因分别有53条和335条。此外,针对6条在短丝木犀花和叶芽间显著差异表达的参与类胡萝卜素生物合成的相关基因,通过实时荧光定量PCR,验证了它们在不同组织间的表达模式。
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| 关 键 词： | 短丝木犀 香花树种 转录组测序 单基因簇 差异表达基因 实时荧光定量PCR |
De novo transcriptome sequencing and analysis of carotenoids biosynthesis related gene expression in Osmanthus serrulatus |
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