| 单细胞RNA测序数据插补方法综述 |
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| 引用本文： | 张少强,李荔瑄,谢林娟,吕庆.单细胞RNA测序数据插补方法综述[J].天津师范大学学报(自然科学版),2023(2):1-10+73. |
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| 作者姓名： | 张少强 李荔瑄 谢林娟 吕庆 |
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| 作者单位： | 天津师范大学计算机与信息工程学院 |
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| 基金项目： | 国家自然科学基金资助项目（61572358）；;天津市应用基础与前沿技术研究计划重点资助项目（19JCZDJC35100）；;天津市自然科学基金青年基金资助项目（18JCQNJC74100）； |
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| 摘 要： | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据插补方法用于解决scRNA-seq数据观测中存在的大量“漏失”（dropout）噪音，改善下游分析，scRNA-seq数据插补方法设计是单细胞数据研究的热点方向之一.本文首先对20种主要的scRNA-seq数据插补方法进行介绍，包括基于模型的插补方法（6种）、基于平滑的插补方法（3种）、基于深度学习的插补方法（8种）和基于低秩矩阵的插补方法（3种），分析了各类方法的优势和缺点；其次，简要综述了插补方法比较研究的相关成果；然后，针对4种下游数据分析评估了以上方法（除scGNN外）的性能；最后，分析目前scRNAseq插补所面临的挑战，并指出新的研究方向.
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| 关 键 词： | 单细胞RNA测序 插补 细胞类型 差异表达 轨迹推断 |
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