基于基因组学分析Pseudoalteromonas paragorgicola GHS18菌株产絮凝活性物质基础

从天然生物絮凝剂资源菲律宾蛤仔黏附污泥中分离获得1株新的高絮凝活性菌株GHS18,絮凝率为75.1%。综合序列比对和生理生化特征结果,GHS18被鉴定为Pseudoalteromonas paragorgicola。通过Illumina测序平台对菌株GHS18进行全基因组框架扫描测序,基于基因组的分子水平来探索菌株GHS18产絮凝活性物质的基础。生物信息学分析结果表明菌株主要参与淀粉、蔗糖、果糖、甘露糖、半乳糖、氨基糖、核苷酸糖、肽聚糖、脂多糖的生物合成与代谢,具有絮凝多糖合成途径中重要的前体底物(UDP-Glucose、GDP-mannose和UDP-glucuronate)和重复寡糖单元(UDP-Gal、dNTP-D-Glu、dNTP-L-Rham、UDP-3-O-(3-acetyl)-GlcNAc),将重复寡糖单元聚合成多糖的eps基因簇并未发现,推测其具有类似的基因簇代替行使功能。本研究为未来开发该菌株为发酵产品提供了一定的理论依据,也为更进一步的研究奠定了基础。