| 红尾副鳅线粒体基因组序列测定与分析 |
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| 引用本文： | 史妍茹,邢连喜,陈涛,杨敏,尤平.红尾副鳅线粒体基因组序列测定与分析[J].陕西师范大学学报,2014(4):50-56. |
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| 作者姓名： | 史妍茹 邢连喜 陈涛 杨敏 尤平 |
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| 作者单位： | 陕西师范大学生命科学学院;西北大学生命科学学院;桂林理工大学国有资产管理处; |
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| 基金项目： | 国家自然科学基金资助项目(31372158);中央高校基本科研业务费专项资金项目(GK201002044) |
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| 摘 要： | 采用长PCR和嵌套PCR相结合的方法测定并注释了红尾副鳅Paracobitis variegatus(Dabry de Thiersant,1874)线粒体基因组全序列.结果表明:红尾副鳅线粒体基因组全长16 571bp,A+T含量55.6%,基因构成及排列与其他硬骨鱼基本相同,包含37个基因和1个控制区(D-loop区).基因组结构紧密,除控制区外基因间仅存在63bp的间隔,33bp的重叠.13个蛋白质编码基因中,除了COI基因以GTG作为起始密码子,COII、COIII和Cyt b以不完整的T,ND4基因以不完整的TA作为终止密码子外,大都以典型的ATG作为起始密码子,以TAA或TAG作为终止密码子.22个tRNA基因的二级结构中,除了tRNASer(AGN)外,其余21个都可以折叠成典型的三叶草结构,tRNASer(AGN)缺失了DHU臂,在相应位置上只形成一个环.预测了rRNA的二级结构,其中12SrRNA包含43个茎环结构,16SrRNA包含6个结构域,53个茎环结构.控制区包含1个终止相关序列TAS1、3个中央保守序列(CSB-F、CSB-D、CSB-E)、2个保守序列区(CSB-2、CSB-3).
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| 关 键 词： | 红尾副鳅 线粒体基因组 tRNA二级结构 控制区 |
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