| 脆蛇转录组序列的分析和系统发育定位(英文) |
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| 引用本文： | 祝静静,黎万顺,高 虹,徐 通,鲍秋颖,郑永祥,周德敏,夏 钢.脆蛇转录组序列的分析和系统发育定位(英文)[J].华东师范大学学报(自然科学版),2014,2014(4):102-112. |
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| 作者姓名： | 祝静静 黎万顺 高 虹 徐 通 鲍秋颖 郑永祥 周德敏 夏 钢 |
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| 作者单位： | 1. 华东师范大学~~科学与技术跨学科高等研究院, 上海 200062;
2. 华大基因, 广东深圳 518083; 3. 北京大学~~医学部~~天然药物及仿生药物国家重点实验, 北京 100191 |
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| 基金项目： | 上海市浦江人才计划(08PJ1404100);中国国家重点基础研究计划973项目(2010CB12300) |
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| 摘 要： | 脆蛇是一种类似于蛇但是又具有蜥蜴的特征的爬行动物,这些矛盾的特性与脆蛇的系统发育分类学有密切的关系.脆蛇在传统中药中也有很多治疗作用.基于这些方面,本研究利用高通量测序方法对脆蛇胃肠道的转录组序列进行检测,组装和注释.最终获得4.6 Gbp高质量的数据,组装获得58 959个单一的基因,其中35 708(60.56%)个单一基因与数据库的基因相匹配.为了确定脆蛇与蛇和蜥蜴的同源进化关系,对同源基因家族和系统进化树进行了分析,结果显示脆蛇的转录组序列更接近于蛇而不是蜥蜴.除此之外还鉴定了10 613 cSSR标签,其中1 644个标签根据严格的标准能够用至少一个引物获得.本研究第一次揭示了脆蛇胃肠道的转录组序列,确定其在系统发育学上的定位.这些序列和标签为脆蛇的研究提供了重要的资源.
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| 关 键 词： | 脆蛇 Ophisaurus harti 系统发育 转录组 cSSR |
| 收稿时间： | 2013-10-01 |
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