| 基于GPU运算的宏基因组第二代测序模拟软件 |
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| 引用本文： | 宣黎明,韦朝春,李亦学.基于GPU运算的宏基因组第二代测序模拟软件[J].华东理工大学学报(自然科学版),2012,38(4):472-476. |
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| 作者姓名： | 宣黎明 韦朝春 李亦学 |
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| 作者单位： | 1. 华东理工大学生物工程学院,上海200237 上海生物信息技术研究中心,上海200235
2. 上海生物信息技术研究中心,上海,200235 |
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| 基金项目： | 上海浦江项目(09PJ1407900) |
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| 摘 要： | 提出一个新的宏基因组模拟系统NeSSM（Next—GenerationSequencingSimulatorforMetagenomics）。通过结合目前数据库中所有的基因组信息和一些初步的宏基因组测序信息，该系统可以产生一个接近于实际情况的模拟宏基因组测序数据。为了加快该系统的运行时间，运用了显卡计算（GPU并行化计算），通过并行化运算有效地缩短了程序运行所需时间。目前，NeSSM支持454和Illumina的测序平台。关键词：宏基因组；GPU；模拟系统；测序平台
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| 关 键 词： | 宏基因组 GPU 模拟系统 测序平台 |
Next-Generation-Sequencing Simulator for Metagenomics by Using GPU |
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| XUAN Li-ming,WEI Chao-chun,LI Yi-xue.Next-Generation-Sequencing Simulator for Metagenomics by Using GPU[J].Journal of East China University of Science and Technology,2012,38(4):472-476. |
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| Authors: | XUAN Li-ming WEI Chao-chun LI Yi-xue |
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| Institution: | 1.School of Biotechnology,East China University of Science and Technology,Shanghai 200237, China;2.Shanghai Center for Bioinformation Technology,Shanghai 200235,China) |
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| Abstract: | |
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| Keywords: | metagenomics GPU simulation system sequencing platform |
| 本文献已被 CNKI 万方数据 等数据库收录！ |
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