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| 人气管普孢子虫基因组中MITEs转座子的鉴定及进化分析 |
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| 引用本文： | 刘璐,何强,陈世良,张小燕,周泽扬,许金山 .人气管普孢子虫基因组中MITEs转座子的鉴定及进化分析 [J].重庆师范大学学报(自然科学版),2016(5):12-17. |
| 作者姓名： | 刘璐 何强 陈世良 张小燕 周泽扬 许金山 |
| 作者单位： | 重庆师范大学 生命科学学院,重庆 401331 ; 西南大学家蚕基因组生物学国家重点实验室,重庆 400716 ;云南农业科学研究院蚕蜂研究所,云南 蒙自 661101 |
| 摘 要： | 利用生物信息学方法,首次在人气管普孢子虫( Trachipleistophorahominis )基因组内鉴定到 9 个 MITEs 家族ThME1~ThME9 ,共 123 个拷贝, MITEs 转座子的长度均小于 600bp 。根据靶位点重复序列( Targetsiteduplication ,TSD )的不同,将 ThME1 归 属 于 Tc1 / Mariner 超 家 族, ThME2 和 ThME3 归 属 于 PIF / Harbinger 超 家 族, ThME5 和ThME6 归属于 CACTA 超家族(超家族的名字用正体较好,下同),其余家族归为新家族。分析发现,人气管普孢子虫中的所有 MITEs 家族的吉布斯自由能均小于 0 ,表明 MITEs 家族具有形成二级结构的潜能,有利于该家族在基因组上转座。人气管普孢子虫 MITEs 家族在基因组的插入时间估计在 0~800 万年内,而且这种插入在基因组中是随机的,没有位置偏向性,并发现 2 个 MITEs 转座子拷贝插入到基因编码区内部。上述结果为进一步研究微孢子虫 MITEs 转座子的起源以及功能奠定了基础。 |
| 关 键 词： | 微孢子虫 人气管普孢子虫 MITEs 基因组 转座子 |
Characterization and Genomic Evolution of MITEs in Microsporidian Trachipleistophora hominis |
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| LIU Lu,HE Qiang,CHEN Shiliang,ZHANG Xiaoyan,ZHOU Zeyang,XU Jinshan .Characterization and Genomic Evolution of MITEs in Microsporidian Trachipleistophora hominis [J].Journal of Chongqing Normal University:Natural Science Edition,2016(5):12-17. |
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| Authors: | LIU Lu HE Qiang CHEN Shiliang ZHANG Xiaoyan ZHOU Zeyang XU Jinshan |
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