| 改进信息离散性度量方法的蛋白质二级结构预测 |
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| 引用本文： | 李哲谦,刘书朋,严壮志,辛艳飞. 改进信息离散性度量方法的蛋白质二级结构预测[J]. 应用科学学报, 2008, 26(2): 150-154 |
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| 作者姓名： | 李哲谦 刘书朋 严壮志 辛艳飞 |
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| 作者单位： | 1. 上海大学,通信与信息工程学院,上海,200072;上海大学,生物医学工程研究所,上海,200072
2. 浙江省医学科学院,浙江,杭州,310013 |
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| 基金项目： | 上海市重点学科建设项目 |
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| 摘 要： | 采用一种信息离散性度量方法对CB396数据集中的蛋白质数据进行二级结构预测,预测准确率达到72.1%.为了提高预测准确率,将FDOD算法结合PSI-BLAST进行多重序列比对,使预测准确率提高到75.6%,证明了该方法的有效性.在此基础上,利用20种疏水标度改进FDOD方法,以减小计算量.最后,结合长程作用,对预测准确性的影响因素进行了讨论.
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| 关 键 词： | 二级结构预测 信息离散性 疏水特性 长程作用 改进 信息 离散性 度量方法 蛋白质 二级结构预测 Information Discrepancy Measure Improved Secondary Structure Protein 影响因素 预测准确性 长程作用 计算量 标度 疏水 利用 有效性 多重序列比对 |
| 文章编号： | 0255-8297(2008)02-0150-05 |
| 修稿时间： | 2007-09-01 |
Prediction of Protein Secondary Structure with an Improved Measure of Information Discrepancy |
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| LI Zhe-qian,LIU Shu-peng,YAN Zhuang-zhi,XIN Yan-fei. Prediction of Protein Secondary Structure with an Improved Measure of Information Discrepancy[J]. Journal of Applied Sciences, 2008, 26(2): 150-154 |
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| Authors: | LI Zhe-qian LIU Shu-peng YAN Zhuang-zhi XIN Yan-fei |
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