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| 应用ABEEMσπ/GB-SA方法估算4个带电二肽的溶剂化自由能 | |
| 作者姓名： | 赵东霞 张超 孟祥娜 |
| 作者单位： | 辽宁师范大学 化学化工学院,辽宁 大连,116029 |
| 基金项目： | 国家自然科学基金;国家自然科学基金 |
| 摘 要： | 采用B3LYP/6-311++G(d,p)理论水平优化获得体系的稳定几何结构.在相同的理论水平下,使用SMD溶剂模型,计算这些分子在水溶剂中的溶剂化自由能,并以其作为标准值.将各分子的稳定结构作为初始结构,在298 K、NVT系综下,应用ABEEMσπ可极化分子力场,对氨基酸侧链分子的水溶液进行分子动力学模拟,模拟的时间为1ns.平衡后的结构作为训练集,以调节和确定ABEEMσπ的相关参数,最终得到与从头计算相一致的溶剂化自由能.使用相同的参数,计算带电氨基酸二肽的溶剂化自由能,ABEEMσπ的计算结果与从头计算结果具有良好的一致性,表明该参数具有可转移性,这为研究多肽和蛋白质分子的溶剂化自由能奠定了基础. |
| 关 键 词： | 氨基酸侧链 带电二肽分子 原子电荷 ABEEMσπ可极化分子力场 溶剂化自由能 |
| 本文献已被 CNKI 万方数据 等数据库收录！ | |