| HIV-1蛋白酶与抑制剂BEB的结合自由能计算 |
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| 引用本文： | 时术华,张庆刚. HIV-1蛋白酶与抑制剂BEB的结合自由能计算[J]. 山东师范大学学报(自然科学版), 2010, 25(2): 40-43. DOI: 10.3969/j.issn.1001-4748.2010.02.012 |
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| 作者姓名： | 时术华 张庆刚 |
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| 作者单位： | 山东师范大学物理与电子科学学院,250014,济南;山东建筑大学理学院,250101,济南;山东师范大学物理与电子科学学院,250014,济南 |
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| 摘 要： | HIV-1蛋白酶(PR)是治疗艾滋病的重要靶标酶之一.笔者采用分子动力学模拟,运用MM-PBSA方法计算了PR与抑制剂BEB复合物的绝对结合自由能;运用能量分解的方法考察了PR的主要残基与BEB间的相互作用与识别,结果表明:残基GLY27、 ALA28/ALA28'、 GLY49、 ILE50/ ILE50'和ILE84/ ILE84'为PR与BEB的结合自由能提供了主要贡献.抑制剂BEB骨架上的OH基和NH基与残基ASP25/ASP25'、ASP29和GLY27之间的氢键相互作用有利于复合物的稳定.计算结果与实验值吻合较好.
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| 关 键 词： | HIV-1蛋白酶 抑制剂 分子动力学 MM-PBSA 结合自由能 |
FREE ENERGY ANALYSIS OF INTERACTION BETWEEN HIV-1 PROTEASE AND INHIBITOR BEB |
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| Shi Shuhua,Zhang Qinggang. FREE ENERGY ANALYSIS OF INTERACTION BETWEEN HIV-1 PROTEASE AND INHIBITOR BEB[J]. Journal of Shandong Normal University(Natural Science), 2010, 25(2): 40-43. DOI: 10.3969/j.issn.1001-4748.2010.02.012 |
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| Authors: | Shi Shuhua Zhang Qinggang |
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| Abstract: | |
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| Keywords: | MM-PBSA |
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