| 小鼠烧伤后时序芯片数据分析及免疫标志物的初步筛选 |
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| 引用本文： | 高艳彬,卢志阳,金辉,史鹏伟,王桂芳,温皇鼎,杨磊.小鼠烧伤后时序芯片数据分析及免疫标志物的初步筛选[J].暨南大学学报,2015(3). |
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| 作者姓名： | 高艳彬 卢志阳 金辉 史鹏伟 王桂芳 温皇鼎 杨磊 |
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| 作者单位： | 南方医科大学 南方医院 烧伤科,广东 广州,510515 |
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| 基金项目： | 南方医科大学南方医院院长基金 |
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| 摘 要： | 目的:从基因转录水平探讨烧伤早期免疫系统功能变化情况,并筛选烧伤后免疫相关标志物,为临床诊疗提供新思路.方法:GEO数据库下载GSE7404数据集(小鼠,25%TBSA,3度),共获得32例基因表达谱数据.应用配对样本t检验和倍比法(fold-change,FC)筛选差异表达基因(P-value0.01和|lg FC|1).分别利用DAVID数据库和STRING数据库进行生物学过程功能富集分析及构建免疫相关蛋白互作网络.互作网络的模块及可视化分析应用Cytoscape软件进行,并用BINGO插件进行模块功能分析.结果:在烧伤后第1 d的基因表达谱的变化最显著,共1 825个差异基因被选出,其中上调基因658个,下调基因1 167个.功能富集分析显示刺激反应和免疫系统过程等生物学功能贯穿整个烧伤早期.蛋白互作网络分析表明LCK、CCR2、TLR2和My D88等免疫相关基因可能在烧伤早期免疫功能变化过程中起着重要的作用.结论:利用生物信息学方法,分析烧伤后时序基因芯片数据,可以有效地揭示烧伤后免疫系统潜在的分子机制,可以为早期诊断和治疗靶点的筛选提供新的思路.
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| 关 键 词： | 烧伤 免疫系统过程 功能富集分析 免疫相关蛋白互作网络 |
Screening of biomarkers for immune system process with post burn injury time-course gene expression profiling data in mice |
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| GAO Yanbin,LU Zhiyang,JIN Hui,SHI Pengwei,WANG Guifang,WEN Huangding,YANG Lei.Screening of biomarkers for immune system process with post burn injury time-course gene expression profiling data in mice[J].Journal of Jinan University(Natural Science & Medicine Edition),2015(3). |
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| Authors: | GAO Yanbin LU Zhiyang JIN Hui SHI Pengwei WANG Guifang WEN Huangding YANG Lei |
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| Abstract: | |
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| Keywords: | post burn injury immune system process functional enrichment analysis Immune related Protein-Protein interaction network |
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