| 钙调蛋白构象变化路径 |
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| 引用本文： | 杨坤,张健,蒋华良,朱维良,王希诚.钙调蛋白构象变化路径[J].大连理工大学学报,2009,49(4):499-505. |
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| 作者姓名： | 杨坤 张健 蒋华良 朱维良 王希诚 |
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| 作者单位： | 1. 大连理工大学,工业装备结构分析国家重点实验室,辽宁,大连,116024
2. 中科院上海药物研究所,新药研究国家重点实验室,上海,201203 |
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| 基金项目： | 国家自然科学基金资助项目(10772042) |
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| 摘 要： | 根据已发现的钙调蛋白(CaM)打开和闭合两种不同的构象,研究了拮抗剂对构象变化的影响以及CaM全局构象变化路径.首先,进行了含拮抗剂和不含拮抗剂的两种常规分子动力学模拟,结果表明:CaM在独立存在时具有从闭合状态开启的趋势,它的构象动态变化推动了CaM变构功能的实现;拮抗剂具有将CaM的构象变化"锁住"在闭合状态的功能,有利于CaM控制一些激酶和磷酸酶的活性.在此基础上,进一步用靶向分子动力学模拟了CaM从闭合到打开的构象变化过程,得到一条稳定的变化路径和4个可能的过渡态构象.
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| 关 键 词： | 钙调蛋白（CaM） 常规分子动力学（CMD） 靶向分子动力学（TMD） 全局构象变化 |
Conformational transition pathway of calmodulin |
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| YANG Kun,ZHANG Jian,JIANG Hualiang,ZHU Weiliang,WANG Xicheng.Conformational transition pathway of calmodulin[J].Journal of Dalian University of Technology,2009,49(4):499-505. |
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| Authors: | YANG Kun ZHANG Jian JIANG Hualiang ZHU Weiliang WANG Xicheng |
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| Institution: | YANG Kun1,ZHANG Jian2,JIANG Hua-liang2,ZHU Wei-liang2,WANG Xi-cheng11.State Key Laboratory of Structural Analysis for Industrial Equipment,Dalian University of Technology,Dalian 116024,China,2.State Key Laboratory of Drug Research,Shanghai Institute of Materia Medica,Chinese Academy of Sciences,Shanghai 201203 |
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| Abstract: | The effects of antagonist on the conformational transition and global conformational transition pathway of calmodulin(CaM) are investigated by means of two different conformations of open and closed states.The molecular dynamics method is firstly used to simulate conformational transitions of the calmodulins with and without an antagonist bound.The results show that CaM without antagonist tends to open from its closed state and cause allosteric interaction.And CaM with antagonist tends to keep in closed sta... |
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| Keywords: | calmodulin (CaM) conventional molecular dynamics (CMD) targeted molecular dynamics (TMD) global conformational transition |
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