基因序列的真实EST匹配识别与外显子区鉴定 |
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引用本文: | 周艳红,井辉,李延恩,刘怀兰.基因序列的真实EST匹配识别与外显子区鉴定[J].科学通报,2004,49(22):2305-2311. |
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作者姓名: | 周艳红 井辉 李延恩 刘怀兰 |
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作者单位: | 华中科技大学生物信息技术研究中心,武汉,430074 |
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基金项目: | 本工作为国家自然科学基金(批准号: 90203011, 30370354)和湖北省自然科学基金(批准号: 2002AC014)资助项目. |
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摘 要: | 迄今已巨量积累的EST(表达序列标签)数据在寻找新基因、疾病相关基因以及识别选择性剪接与SNP位点等方面均具有重要应用价值,正确确定与基因序列真正相关的EST是有效开展这些应用研究的基础。本研究在对部分已知基因序列与EST数据库比对搜索的匹配结果进行深入分析的基础上,总结出了匹配程度检验、Gap检验、包含性检验、长度检验等多种措施对EST匹配结果的真假进行判别,并研制出了相应的分析软件EDSAc1.0,用于从基因序列的众多EST匹配中尽可能地筛选出真正相关的匹配。在此基础上,该软件可进一步鉴定出基因序列中的外显子区域。用标准测试数据集HMR195中的人类基因序列对其性能进行测试时,EDSAc1.0鉴定出的蛋白编码区在核苷酸水平上的专一性Sp达到了0.997,敏感度Sn达到了0.88,优于对国际同类软件TAP的对比测试结果。EDSAc1.0已提供网上服务(http://infosci.hust.edu.cn)。
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关 键 词: | 基因序列 EST 序列比对 真实匹配 外显子识别 |
收稿时间: | 2004-07-16 |
修稿时间: | 2004年7月16日 |
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