| 模拟退火算法的一种改进及其在蛋白质结构预测中的应用 |
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| 引用本文： | 靳利霞,唐焕文. 模拟退火算法的一种改进及其在蛋白质结构预测中的应用[J]. 系统工程理论与实践, 2002, 22(9): 92-96. DOI: 10.12011/1000-6788(2002)9-92 |
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| 作者姓名： | 靳利霞 唐焕文 |
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| 作者单位： | 大连理工大学管理科学与工程研究所 |
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| 基金项目： | 国家自然科学基金 (90 1 0 3 0 3 3 ) |
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| 摘 要： | 根据蛋白质的氨基酸序列预测其空间结构可以归结为一个多维多极值的全局优化问题 ,缺少一种有效的全局优化方法是阻碍这一难题解决的一个关键 .文章以联合残基优化模型为基础 ,将蛋白质结构预测作为一个连续变量的全局优化问题来处理 .针对蛋白质结构预测模型的特点 ,对模拟退火算法进行了改进 ,并将其应用于脑啡肽和牛胰岛素 B(D)链的实例计算 ,得到了较为合理的结果.
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| 关 键 词： | 蛋白质结构预测 连续函数 全局优化 模拟退火算法 |
| 文章编号： | 1000-6788(2002)09-0092-05 |
| 修稿时间： | 2001-03-20 |
An Improvement of Simulated Annealing Algorithm and Its Application to Protein Structure Prediction |
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| JIN Li|xia,TANG Huan|wen. An Improvement of Simulated Annealing Algorithm and Its Application to Protein Structure Prediction[J]. Systems Engineering —Theory & Practice, 2002, 22(9): 92-96. DOI: 10.12011/1000-6788(2002)9-92 |
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| Authors: | JIN Li|xia TANG Huan|wen |
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| Affiliation: | Management Science and Engineering Institute,Dalian University of Technology |
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| Abstract: | Predicting the structure of a protein from its amino acid sequence is a global optimization problem.Lacking powerful optimization method is the key obstacle to this problem. In this paper, we take the prediction of protein structure as a continuous variable optimization problem, advancing the simulated annealing algorithm and applying it to the structure prediction of two proteins: Met|enkephalin and B(D) chain of Bovine despentapeptide insulin. |
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| Keywords: | protein structure prediction continuous function global optimization simulated annealing algorithm |
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