| 新氨基酸拓扑描述子得分矢量及支持向量机用于肽定量序列-迁移预测 |
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| 引用本文： | 梁桂兆,梅虎,杨善彬,周原,周鹏,李志良.新氨基酸拓扑描述子得分矢量及支持向量机用于肽定量序列-迁移预测[J].科学通报,2006,51(14):1644-1648. |
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| 作者姓名： | 梁桂兆 梅虎 杨善彬 周原 周鹏 李志良 |
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| 作者单位： | 1. 重庆大学化学化工学院,重庆,400030;湖南大学化学生物传感与计量学国家重点实验室,长沙,410082;重庆大学生物力学与组织工程教育部重点实验室,重庆,400030
2. 湖南大学化学生物传感与计量学国家重点实验室,长沙,410082;重庆大学生物力学与组织工程教育部重点实验室,重庆,400030
3. 重庆大学化学化工学院,重庆,400030;湖南大学化学生物传感与计量学国家重点实验室,长沙,410082 |
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| 基金项目： | 致谢 本工作为重庆市应用基础基金（批准号：01-3-6）及湖南大学化学生物传感与计量学国家重点实验室基金资助项目. |
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| 摘 要： | 收集了23种氨基酸1262种结构信息, 经主成分分析得新的-氨基酸拓扑描述子得分(SATD)矢量. 将其用于125个不同长度肽的结构表征, 分别以支持向量机(SVM)和偏最小二乘(PLS)建立肽定量序列-迁移模型(QSMM). 结果表明, SATD描述子所含信息量大, 易于操作, 能较好地表征125个肽结构. 与PLS相比, SVM在对电泳迁移率建模预测中表现出较强的拟合能力和良好的预测能力.
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| 关 键 词： | 氨基酸 SATD 电泳迁移率 QSMM SVM |
| 收稿时间： | 2006-01-13 |
| 修稿时间： | 2006-01-132006-05-16 |
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