| 水稻全基因组R基因鉴定及候选RGA标记开发 |
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| 引用本文： | 汪旭升,吴为人,金谷雷,朱军.水稻全基因组R基因鉴定及候选RGA标记开发[J].科学通报,2005,50(11):1085-1089. |
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| 作者姓名： | 汪旭升 吴为人 金谷雷 朱军 |
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| 作者单位： | 1. 浙江大学农业与生物技术学院生物信息学研究所,杭州,310029
2. 浙江大学农业与生物技术学院生物信息学研究所,杭州,310029;福建农林大学作物科学学院,福州,350002
3. 福建农林大学作物科学学院,福州,350002 |
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| 基金项目： | 本工作为国家高技术研究发展计划(批准号: 2003AA207160, 2002AA234031)和福建省自然科学基金(批准号: B9910011)资助项目. |
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| 摘 要： | 用45个已知功能的植物抗病(R)基因序列对粳稻全基因组序列进行搜索, 共找出2119个R基因同源序列或类似物(RGA), 表明RGA在水稻基因组中成簇存在, 呈非随机分布. 采用隐马尔柯夫模型(HMM), 将这些RGA按其功能域分成了21类. 将粳稻的RGA与籼稻的基因组序列进行比较, 共找到702个两亚种间等位的RGA, 并发现其中有671个(占95.6%)RGA的基因组序列(包括编码区和非编码区)在两亚种间存在长度差异(InDel), 表明水稻RGA在两亚种间存在很高的多态性. 通过在InDel两侧设计引物并进行e-PCR验证, 共开发出402个基于PCR的、表现为共显性的候选RGA标记. 这些候选标记在两亚种间的长度差异在1~742 bp之间, 平均为10.26 bp. 有关数据均可从我们的网站(http://ibi.zju.edu.cn/RGAs/index.html)上获得.
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| 关 键 词： | 水稻 抗病基因 RGA 多态性 分子标记 |
| 收稿时间： | 2005-02-05 |
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