| 生物信息方法预测高粱miRNA及其靶基因 |
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| 引用本文： | 杜江峰,武永军,方晓峰,曹君霞,赵亮,陶士珩.生物信息方法预测高粱miRNA及其靶基因[J].科学通报,2010,55(7):553-561. |
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| 作者姓名： | 杜江峰 武永军 方晓峰 曹君霞 赵亮 陶士珩 |
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| 作者单位： | 西北农林科技大学生物信息研究中心;西北农林科技大学生命科学学院; |
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| 基金项目： | 国家自然科学基金(批准号:30600384)资助项目 |
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| 摘 要： | miRNAs是新发现的一类长约21个碱基对的非编码RNAs. 它们在转录后基因调控中起着重要作用. 它们的靶目标涉及许多生物进程, 如发育、新陈代谢、胁迫应答等. 尽管已经有大量物种的miRNAs报道, 然而关于高粱miRNAs的相关报道却十分有限. 本研究通过基于基因组勘测序列(GSS)的同源序列搜索和miRNAs的二级结构分析, 总共发现17条新的miRNAs. 它们不均等的分布于11个miRNAs家族中. 一些miRNAs的基因存在多位点并且不仅仅存在于单一基因位点上. 大多数miRNAs存在同一生物界的保守性, 但是我们发现, 高粱sbi-miR127和sbi-miR466分别表现出与人类(H. sapiens)和家鼠(M. musculus)具有高度序列相似性. 通过靶基因预测软件MiRU对miRNAs的分析表明, 它们可能调节64种靶基因, 其中多数涉及RNA加工、新陈代谢、细胞周期、蛋白质降解、胁迫应答及转录. 在11个miRNAs家族中至少有7个miRNAs的靶目标是NADPH-细胞色素p450还原酶、核苷二磷酸激酶、超氧化物歧化酶等一些在新陈代谢和胁迫应答中必要的蛋白, 说明miRNAs在这些过程中起着十分重要的作用.
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| 关 键 词： | 微小RNA 高粱 基因组勘测序列 靶标 |
| 收稿时间： | 2009-06-01 |
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