黄姑鱼转录组SSR的开发与验证 |
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引用本文: | 龚诗琦,王志勇,肖世俊,林爱强,谢仰杰.黄姑鱼转录组SSR的开发与验证[J].集美大学学报(自然科学版),2016(4):241-246. |
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作者姓名: | 龚诗琦 王志勇 肖世俊 林爱强 谢仰杰 |
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作者单位: | 集美大学水产学院;农业部东海海水健康养殖重点实验室 |
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基金项目: | 福建省科技厅产学合作项目(2014N5011);厦门南方海洋研究中心重大项目(14GZY70NF34);国家水产种质资源平台项目(2015DKA30470) |
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摘 要: | 利用MISA软件对黄姑鱼转录组测序数据进行分析,共检索到微卫星(simple sequence repeats,SSR)位点12 254个,其中单碱基、二碱基、三碱基重复分别约占42.70%、32.11%、23.44%,四碱基、五碱基、六碱基重复仅分别约占1.60%、0.09%、0.06%。随机选出80个二至六碱基重复来设计PCR引物,有38对引物通过扩增可获得目的条带。利用南海海区野生黄姑鱼样本对其中的18个具有多态性的SSR位点进行扩增效果验证和评价,结果显示:18个SSR的平均等位基因数为7.67,平均有效等位基因数为4.571,平均观测杂合度为0.3984,平均期望杂合度为0.7518,平均多态信息含量为0.6799,其中有15个位点表现出高多态性(多态信息含量0.5)。与传统方法相比较,利用转录组测序数据开发微卫星标记更加省时、高效。
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关 键 词: | 黄姑鱼 微卫星 标记 转录组 测序 |
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