| 生物序列比对算法分析与比较 |
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| 引用本文： | 钟诚,宋彬. 生物序列比对算法分析与比较[J]. 广西大学学报(自然科学版), 2004, 29(3): 214-221 |
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| 作者姓名： | 钟诚 宋彬 |
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| 作者单位： | 广西大学,计算机与电子信息学院,广西,南宁,530004;中国科学技术大学,计算机科学技术系,安徽,合肥,230027 |
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| 基金项目： | 广西自然科学基金(桂科自0339008)，国家863计划(2001AA111041) |
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| 摘 要： | 序列比对是生物信息学的一个非常重要的操作．它可以预测生物序列的功能、结构和进化过程等．文中首先介绍双序列比对的基本算法；接着分析和比较多序列比对的四个常用模型和三类算法以及并行比对算法；最后，给出一些研究问题．
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| 关 键 词： | 生物信息学 双序列比对 多序列比对 精确算法 近似算法 启发式算法 |
| 文章编号： | 1001-7445(2004)03-0214-08 |
| 修稿时间： | 2004-04-21 |
Analysis and comparison for biosequence alignment algorithms |
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| ZHONG Cheng,SONG Bin. Analysis and comparison for biosequence alignment algorithms[J]. Journal of Guangxi University(Natural Science Edition), 2004, 29(3): 214-221 |
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| Authors: | ZHONG Cheng SONG Bin |
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| Affiliation: | ZHONG Cheng~1,SONG Bin~2 |
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| Abstract: | Sequence alignment is an important operation in Bioinformatics. It has been used successfully to predict the function, structure, and evolution of biological sequences. In this paper, some fundamental algorithms for pairwise sequence alignment are introduced, the multiple alignment models and main kinds of multiple alignment algorithms are analyzed and compared, and the parallel algorithms for biosequence alignment are summarized. Finally, some open problems are given. |
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| Keywords: | bioinformatics pairwise sequence alignment multiple sequence alignment exact algorithms approximation algorithms heuristic approaches |
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