原核生物大肠杆菌基因组序列形成核小体能力的预测 |
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作者姓名: | 陈冰 任松叶 赵秀娟 蔡禄 |
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作者单位: | 内蒙古科技大学生物工程与技术研究所;内蒙古科技大学生物质能源化重点实验室 |
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基金项目: | 国家自然科学基金项目(61271448);内蒙古自然科学基金项目(2011MS0504);内蒙古高等学校科研基金项目(NJZY12103) |
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摘 要: | 以大肠杆菌基因组为研究对象,基于体外组装的核小体序列中k-mers频数信息,采用多样性增量结合二次判别算法对核心DNA和连接DNA进行分类预测,整体准确率和相关系数分别达到83.08%和0.619.对大肠杆菌、酵母和人类基因组中核小体定位序列与缺失序列中偏好的k-mers进行了比较,结果表明核小体缺失序列更为保守.
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关 键 词: | 大肠杆菌基因组 核小体定位 k-mers频数 多样性增量 二次判别 |
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