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原核生物大肠杆菌基因组序列形成核小体能力的预测
作者姓名:陈冰  任松叶  赵秀娟  蔡禄
作者单位:内蒙古科技大学生物工程与技术研究所;内蒙古科技大学生物质能源化重点实验室
基金项目:国家自然科学基金项目(61271448);内蒙古自然科学基金项目(2011MS0504);内蒙古高等学校科研基金项目(NJZY12103)
摘    要:以大肠杆菌基因组为研究对象,基于体外组装的核小体序列中k-mers频数信息,采用多样性增量结合二次判别算法对核心DNA和连接DNA进行分类预测,整体准确率和相关系数分别达到83.08%和0.619.对大肠杆菌、酵母和人类基因组中核小体定位序列与缺失序列中偏好的k-mers进行了比较,结果表明核小体缺失序列更为保守.

关 键 词:大肠杆菌基因组  核小体定位  k-mers频数  多样性增量  二次判别
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