| 一种基于综合信息的剪接位点识别方法 |
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| 引用本文： | 王科俊,吕俊杰,冯伟兴,王鑫.一种基于综合信息的剪接位点识别方法[J].华中科技大学学报(自然科学版),2011(3):111-114. |
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| 作者姓名： | 王科俊 吕俊杰 冯伟兴 王鑫 |
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| 作者单位： | 哈尔滨工程大学自动化学院;剑桥大学癌症分子研究中心; |
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| 基金项目： | 国家自然科学基金资助项目(61071174); 国家高技术研究发展计划资助项目(2008AA01Z148); 黑龙江省杰出青年科学基金资助项目(JC200703) |
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| 摘 要： | 为提高剪接位点识别的精度,提出一种基于综合信息的剪接位点识别方法.通过分析供体位点与受体位点的剪接信号、剪接序列、位点附近序列的二级结构,以及剪接因子作用过程等特征,分别为供体位点与受体位点建立信号模型和序列模型;应用Vienna软件中的Mfold包预测每个剪接位点附近序列最稳定的二级结构,将传统的四字符核酸表转化为八字符核酸表,每个序列用八字符进行描述,用结合了结构信息的序列对信号模型和序列模型进行训练学习;最后用训练好的模型进行剪接位点的识别.实验结果证明:该方法对剪接位点的识别取得了很好的效果,其识别精度可达95%以上.
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| 关 键 词： | 生物信息学 剪接位点 剪接信号 可变剪接 二级结构 |
Identification method of splice sites using comprehensive information |
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| Wang Kejun L Junjie Feng Weixing Wang Xin.Identification method of splice sites using comprehensive information[J].JOURNAL OF HUAZHONG UNIVERSITY OF SCIENCE AND TECHNOLOGY.NATURE SCIENCE,2011(3):111-114. |
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| Authors: | Wang Kejun L Junjie Feng Weixing Wang Xin |
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| Institution: | Wang Kejun1 L Junjie1 Feng Weixing1 Wang Xin2(1 College method of Automation,Harbin Engineering University,Harbin 150001,China,2 Cancer Research Center,University of Cambridge,Cambridge CB2 1TN,U.K.) |
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| Abstract: | To identify splice sites more accurately and efficiently,a method to recognize splice sites based on comprehensive information was proposed.By analyzing the splicing signals,splicing sequences,secondary structures of flank sequence,different splicing factor mechanism of action and other characteristics of donor sites and acceptor sites,donor sites identification signal model,acceptor sites identification signal model,donor sites identification sequence model and acceptor sites identification sequence model ... |
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| Keywords: | bioinformatics splice sites splice signal alternative splice secondary structures |
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