| 基于后缀树思想构造Web生物数据搜索的数据模型 |
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| 引用本文： | 喻钧,王长元,喻萌.基于后缀树思想构造Web生物数据搜索的数据模型[J].西安工程科技学院学报,2006,20(2):206-209. |
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| 作者姓名： | 喻钧 王长元 喻萌 |
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| 作者单位： | [1]西安工业学院计算机科学与工程学院,陕西西安710032 [2]Institut fuer Informatik, Albert-Ludwigs-Universitaet Freiburg, 79110 Freiburg, Germany [3]中国航空工业第一集团公司飞行自动控制研究所,陕西西安710065 |
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| 摘 要： | 针对Web上的公共生物学数据资源,提出一种适合于在线搜索生物学数据的数据模型.该模型基于后缀树思想,通过建立生物体的DNA、RNA、蛋白质序列数据的后缀树结构,并将之转化为更加空间有效的后缀数组,然后搜索数组以找到查询序列的近似匹配.结果表明,这种数据模型比常规的线性搜索模型在时间和空间开销上更加高效.
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| 关 键 词： | 生物学数据库 搜索 后缀树 后缀数组 |
| 文章编号： | 1671-850X(2006)02-0206-04 |
| 修稿时间： | 2005年10月8日 |
Creating a data model based on suffix trees for searching biological databases on the web |
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| Sven Schuierer,YU Jun,WANG Chang-yuan,Sven Schuierer,YU Meng.Creating a data model based on suffix trees for searching biological databases on the web[J].Journal of Xi an University of Engineering Science and Technology,2006,20(2):206-209. |
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| Authors: | Sven Schuierer YU Jun WANG Chang-yuan Sven Schuierer YU Meng |
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| Abstract: | One data model used for searching public biological databases on the web is proposed.It is based on an idea of suffix trees.In order to find out approximate matches of a query sequence within a sequence database of DNA,RNA or protein,a suffix tree of the database is created,as well as converted into a suffix array.As a result,this kind of data model is more time efficiency and more space reduction than nomal linear model. |
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| Keywords: | biological database searching suffix tree suffix array |
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