| 基于动态算法的序列分析 |
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| 引用本文： | 李誌,刘元宁,武泽旭,常亚萍,何飞,徐宝林,张浩. 基于动态算法的序列分析[J]. 吉林大学学报(信息科学版), 2010, 28(1): 41-46. DOI: 10.3969/j.issn.1671-5896.2010.01.007 |
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| 作者姓名： | 李誌 刘元宁 武泽旭 常亚萍 何飞 徐宝林 张浩 |
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| 作者单位： | 吉林大学,计算机科学与技术学院,长春,130012;四川大学,电气信息学院,成都,610065;吉林大学,畜牧兽医学院,长春,130062 |
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| 基金项目： | 国家自然科学基金资助项目(60673099;60873146;60971089) |
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| 摘 要： | 为了获得2009年新型甲型H1N1流感病毒与2008流感病毒的基因序列及氨基酸序列的一致性，以便对一个基因家族的生物学特征有一个简明扼要的了解，针对目前流行的新型甲型H1N1流感病毒的基因序列及其所编码的氨基酸序列，采用动态规划算法对其一级序列进行序列相似度分析，获得了2009年新型甲型H1N1流感病毒的NA和M基因片段以及2008年猪源性甲型H1N1流感病毒的相应基因片段同源性高、在有些位点发生了基因突变增添和突变缺失等重要基因信息。为此次新型甲型H1N1流感病毒的研究提供了依据。
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| 关 键 词： | 生物信息学 序列比对 相似性分析 |
Sequence Analysis Based on Dynamic Algorithm |
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| LI Zhi,LIU Yuan-ning,WU Ze-xu,CHANG Ya-ping,HE Fei,XU Bao-lin,ZHANG Hao. Sequence Analysis Based on Dynamic Algorithm[J]. Journal of Jilin University:Information Sci Ed, 2010, 28(1): 41-46. DOI: 10.3969/j.issn.1671-5896.2010.01.007 |
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| Authors: | LI Zhi LIU Yuan-ning WU Ze-xu CHANG Ya-ping HE Fei XU Bao-lin ZHANG Hao |
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| Affiliation: | 1aCollege of Computer Science and Technology, Jilin University, Changchun 130012, China;1bCollege of Animal Science and Veterinary Medicine, Jilin University, Changchun 130062, China；
2College of Electrical Engineering and Information, Sichuan University,Chengdu 610065,China |
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| Abstract: | Sequence alignment is the basis of sequence analysis,which describes the similarity of sequences in a set to understand the biological characteristics of a gene family concisely. The dynamic programming algorithm is adopted to analyze the similarity of the sequence of current-new H1N1 influenza virus gene sequences and their encoded amino acid sequences. Some important genetic information is obtained,such as high homologous be-tween NA and M gene fragments of 2009 new H1N1 influenza virus and corresponding ... |
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| Keywords: | bioinformatics sequence comparison similarity analysis |
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