| 单细胞RNA序列数据的PBMC相关细胞的识别 |
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| 引用本文： | 龚乐君,周佘海,程逸飞,高志宏,李华康.单细胞RNA序列数据的PBMC相关细胞的识别[J].中国科学技术大学学报,2020(7):1013-1018. |
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| 作者姓名： | 龚乐君 周佘海 程逸飞 高志宏 李华康 |
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| 作者单位： | 1. 南京邮电大学计算机学院软件学院网络空间安全学院;2. 江苏省大数据安全与智能处理重点实验室;3. 浙江省智慧医疗工程技术研究中心 |
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| 基金项目： | 国家自然科学基金(61502243)；;中国博士后基金(2018M632349)； |
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| 摘 要： | 细胞类型鉴定是单细胞RNA测序的主要任务之一.针对整个问题,提出基于随机森林的细胞类型自动识别(automatic identification of cell type based on random forest, AICTRF)方法来识别单细胞测序数据中的细胞类型,该方法使用随机森林分类模型进行训练,根据训练的模型进而预测未知的细胞类型.在人类外周血单核细胞(PBMC)测序数据集上训练了随机森林分类模型,利用该模型预测了人类PBMC中B细胞的相关亚型细胞类型.实验结果表明,该方法可以帮助相关研究人员快速而有效地自动识别单细胞测序数据中的细胞类型.
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| 关 键 词： | 单细胞RNA测序数据挖掘 细胞类型 B细胞亚型 聚类 分类 |
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