| 祁连山黄参叶片转录组测序及生物信息学分析 |
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| 引用本文： | 张春梅,闫芳,宋海,张喜峰,陈叶.祁连山黄参叶片转录组测序及生物信息学分析[J].广西师范大学学报(自然科学版),2022(6):247-256. |
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| 作者姓名： | 张春梅 闫芳 宋海 张喜峰 陈叶 |
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| 作者单位： | 1. 河西学院农业与生态工程学院;2. 甘肃省河西走廊特色资源利用重点实验室;3. 河西学院生态与绿洲农业研究院 |
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| 基金项目： | 国家自然科学基金(32160745)；;甘肃省自然科学基金(22JR5RG566)； |
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| 摘 要： | 在《本草纲目》中黄参被誉为“小人参”,以黄参叶片为试材，采用高通量测序平台BGISEQ-500进行转录组测序，利用转录组分析软件进行组装、注释。结果表明：1)利用组装软件，获得99 981个Unigene,总长度是113 850 816 bp,平均长度是1 138 bp, N50的长度是1 874 bp, GC含量是39.93%。2)将Unigene比对到7大功能数据库进行注释，分别有49 390(NT:49.40%)、48 281(SwissProt:48.29%)、61 116(KOG:61.13%)以及55 859(Pfam:55.87%)个Unigene获得功能注释。3)比对到NR数据库共有66 451条，黄参与胡萝卜Daucus carota subsp.sativus有较高同源性，与其他物种的同源性较低。4)基因本体(gene ontology, GO)数据库注释显示，有78 040条Unigene得到注释，按功能分为生物过程、细胞组分、分子功能三大类，分别有15、11、14个亚类，其中执行生物过程的类区较多。5)51 479条Unigene富集在KEGG数据库的20条代谢...
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| 关 键 词： | 黄参 转录组 功能基因 生物信息学 SSR标记 |
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