| 基于PC/Linux蛋白序列分析系统的构建及应用 |
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| 引用本文： | 寸树健,邓百煌,邓日强,杨彦臻,吴文言.基于PC/Linux蛋白序列分析系统的构建及应用[J].中山大学学报(自然科学版),2004,43(5):80-82. |
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| 作者姓名： | 寸树健 邓百煌 邓日强 杨彦臻 吴文言 |
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| 作者单位： | 中山大学生命科学学院∥生物防治国家重点实验室∥海洋生物功能基因组开放实验室,广东,广州,510275 |
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| 基金项目： | 国家自然科学基金，国家重点基础研究发展计划(973计划)，广东省自然科学基金，广东省科技厅科技计划，广东省广州市科技攻关项目 |
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| 摘 要： | 介绍利用常见的x86 PC,Linux操作系统配合BLAST、PHYLIB和EMBOSS等常见的生物分析软件构建可以完成多种蛋白数据分析的大规模自动分析系统.该系统可自动完成从DNA序列中获取读码框、核酸序列向蛋白序列的转化、在蛋白序列数据库中查找同源序列、序列录入数据库以及蛋白序列的等电点、亲/疏水位点、二级结构等性质的分析、多个序列之间相似度和进化地位的分析,并对输出的结果数据利用Web服务器进行发布.与传统的序列分析模式相比,此分析系统大大加速了对大规模数据信息的分析和利用.
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| 关 键 词： | 生物信息学工作站 |
| 文章编号： | 0529-6579(2004)05-0080-03 |
| 修稿时间： | 2003年12月2日 |
Construction and Application of Protein Sequence Analysis System Based on PC/Linux |
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| CUN Shu-jian,DENG Bai-huang,DENG Ri-qiang,YANG Yan-zhen,WU Wen-yan University,Guangzhou ,China.Construction and Application of Protein Sequence Analysis System Based on PC/Linux[J].Acta Scientiarum Naturalium Universitatis Sunyatseni,2004,43(5):80-82. |
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| Authors: | CUN Shu-jian DENG Bai-huang DENG Ri-qiang YANG Yan-zhen WU Wen-yan University Guangzhou China |
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| Institution: | CUN Shu-jian,DENG Bai-huang,DENG Ri-qiang,YANG Yan-zhen,WU Wen-yan University,Guangzhou 510275,China) |
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| Abstract: | This paper introduces how to set up a bioinformatics workstation, based on linux operating system on x86 PC, that can analyze protein sequences with some usual biosoftwares (BLAST, PHYLIB, EMBOSS, etc.) automatically in large-scale. Isoelectric point, hydropathy, secondary structure and many other properties of protein sequence can be predicted by such a system, and the output data can be published as web pages via web server. In comparison with traditional mode of sequence analysis, the system makes analytical process efficiently and publishes results with much lower price. Its application will accelerate analysis and utilization to large number of protein data. |
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| Keywords: | linux blast emboss phylib |
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