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| 基于NCBI核酸数据库资源的产黄青霉微卫星序列的筛选 | |
| 作者单位： | ;1.烟台大学生命科学学院;2.新疆大学生命科学与技术学院;3.青州荣美尔生物科技有限公司 |
| 摘 要： | 利用生物信息学方法在产黄青霉基因组中筛选微卫星序列,并对其基因组中微卫星数量和丰度进行了研究.利用SSRHunter1.3软件在长度为30 090 464 bp的产黄青霉基因组中共找到163个微卫星序列.其中以两碱基重复类型数目最多,为133个,占重复序列总数目的 81.60%;其次是三碱基重复为29个,占17.79%;最后是四碱基1个,占0.61%.在两碱基重复序列中,AT(44.79%)重复类别最多,其次是AG(23.92%).在三碱基重复序列中,共发现9种重复类别,其中以AAG和ACT重复类型最多,为6个(3.68%),其次是ACC(2.45%),最少的是AGC(0.61%).四碱基重复中,只有1种重复类别,为ATGT(0.61%).同时选取二碱基的重复次数在7以上和三碱基的重复次数在6以上的微卫星序列,利用Primer Premier 5.0软件设计了引物,共得到30对引物.本研究不仅为后续产黄青霉微卫星标记的筛选奠定了基础,也丰富了其基因组学资源,对产黄青霉的种群遗传结构分析、分子标记选育和遗传多样性有重要意义. |
| 关 键 词： | 产黄青霉 微卫星序列 生物信息学 基因组 引物 |
Screening of Microsatellite DNA in Penicillium chrysogenum based on NCBI Nucleic Acid Database Resources |
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| Abstract: | |
| Keywords: | |
| 本文献已被 CNKI 等数据库收录！ | |