| 基于遗传算法的序列比对方法 |
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| 引用本文： | 王芳芳,马志强,王素华. 基于遗传算法的序列比对方法[J]. 吉林大学学报(信息科学版), 2006, 24(4): 423-429 |
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| 作者姓名： | 王芳芳 马志强 王素华 |
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| 作者单位： | 东北师范大学,计算机学院,长春,130017;东北师范大学,计算机学院,长春,130017;东北师范大学,计算机学院,长春,130017 |
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| 基金项目： | 国家自然科学基金资助项目(60374027) |
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| 摘 要： | 为有效解决大尺度基因组序列的比对分析,提出了一种基于遗传算法的序列比对方法。该算法通过对序列比对问题进行编码,将其转换成了搜索空间中的一个优化问题。实验结果表明,这种新的比对算法是有效的,它在占用少量内存的情况下可以获得近似于Need lem an-W unsch算法结果的最优解。
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| 关 键 词： | 生物信息学 序列比对 遗传算法 算子 |
| 文章编号： | 1671-5896(2006)04-0423-07 |
| 修稿时间： | 2005-10-19 |
Approach to Sequence Alignment Based on Genetic Algorithm |
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| WANG Fang-fang,MA Zhi-qiang,WANG Su-hua. Approach to Sequence Alignment Based on Genetic Algorithm[J]. Journal of Jilin University:Information Sci Ed, 2006, 24(4): 423-429 |
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| Authors: | WANG Fang-fang MA Zhi-qiang WANG Su-hua |
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| Abstract: | In order to solve the large-scaled genome sequences alignment efficiently,this paper proposes a new sequence alignment method based on genetic algorithm.It converts the sequences alignment to an optimization problem in a search space by encoding.The experiment results demonstrate that the new approach is efficient and it can find a result close to Needleman-Wunsch algorithm with less memory. |
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| Keywords: | bioinformatics sequence alignment genetic algorithm operator |
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