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| 基于基因表达谱与系统发育树的肿瘤细胞多药耐药性表型预测 | |
| 引用本文： | 刘鑫奕,李作峰,文静然,蔡青青,徐烨,张晓艳.基于基因表达谱与系统发育树的肿瘤细胞多药耐药性表型预测[J].科学通报,2010,55(26):2602-2610. |
| 作者姓名： | 刘鑫奕 李作峰 文静然 蔡青青 徐烨 张晓艳 |
| 作者单位： | 同济大学生命科学与技术学院生物信息学系, 上海 200092; 上海生物信息技术研究中心, 上海 200235; 复旦大学附属肿瘤医院大肠外科, 上海 200032 * 同等贡献 |
| 基金项目： | 国家高技术研究发展计划(2007AA02Z332, 2008AA02Z126, 2009AA02Z308)和上海市重大项目(07DZ19505)资助 |
| 摘 要： | 应用基因芯片技术预测抗肿瘤药物多药耐药性(multiple drug resistance, MDR)表型时, 探针表达值归一化策略和特征基因集的选取往往是导致实验间结果不一致性的重要原因. 从基因芯片数据出发, 如何建立一个统计学上稳定的预测模型, 已成为MDR表型预测建模研究中迫切需要解决的问题. 本研究以多药耐药肿瘤细胞系的基因表达数据为研究对象, 将探针表达定性为有无表达(1/0)两种状态, 再将其归类到由蛋白质结构域组序(protein domain organization, PDO)定义的基因集中. 在此基础上, 通过引入系统发育学中的基因含量方法(gene content), 在PDO基因集水平上建立了系统发育学模型(细胞树), 并用于MDR表型的预测. 结果显示, 肿瘤细胞系的分类主要受细胞病理分型和MDR表型(紫杉醇和长春碱)的影响. 系统发育学模型在预测样本的MDR表型方面优于特征基因模型. 尽管本文方法的应用受到样本混杂度的限制, 但其对于血液系统肿瘤或纯度较高的细胞系仍具有潜在的应用价值. |
| 关 键 词： | 基因芯片 系统发育树 肿瘤 多药耐药性 样本聚类分析 细胞树 |
| 收稿时间： | 2010-01-29 |
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