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蛋白质的二级结构序列和结构型
引用本文:李晓琴,王守源,罗辽复. 蛋白质的二级结构序列和结构型[J]. 内蒙古大学学报(自然科学版), 2002, 33(1): 21-25
作者姓名:李晓琴  王守源  罗辽复
作者单位:内蒙古大学物理系,内蒙古,呼和浩特,010021
基金项目:国家自然科学基金,内蒙古自然科学基金资助项目
摘    要:从蛋白质的二级结构序列出发 ,提出了冗余的概念 ,定义了冗余数量和冗余长度 ,给出了不同结构型蛋白的冗余数量和长度的分布特性 .统计结果表明 α类蛋白中 30 %、β类蛋白中84 %、α/β类蛋白中 95 %的序列不同程度的存在冗余 ,冗余数量和冗余长度主要分布在 1~ 3的范围 .以主二级结构序列三联体为参数 ,利用信息聚类方法对 α类、β类、α/ β类、α β类的6 0 0个蛋白进行了聚类 ,结果表明 ,对冗余较少的α类蛋白 85 %以上能够较好地聚类在一枝中 ,但对于冗余较多的其它类蛋白不能分在一个大支中 ,大部分可以分散在多个小支中 .以主二级结构序列三联体为参数 ,利用 Mahalanobis距离方法对上述四种结构型进行预测 ,预测的总体准确率为 81 .1 % .聚类结果和利用 Mahalanobis距离分类结果充分展示了蛋白质二级结构序列对结构型的特殊作用 ,但由于冗余的影响使得二级结构序列的信息并未充分显示出来 .说明从蛋白质二级结构序列出发预测结构型和构建蛋白质框架结构是合理的选择

关 键 词:二级结构序列  结构型  信息聚类  冗余结构
文章编号:1000-1638(2002)01-0021-05
修稿时间:2001-04-24

The Secondary Structure Sequence and Structural Class of Protein
LI Xiao-qin,WANG Shou-yuan,LUO Liao-fu. The Secondary Structure Sequence and Structural Class of Protein[J]. Acta Scientiarum Naturalium Universitatis Neimongol, 2002, 33(1): 21-25
Authors:LI Xiao-qin  WANG Shou-yuan  LUO Liao-fu
Abstract:
Keywords:secondary structure sequences  structure class  information clustering  redundant structure
本文献已被 CNKI 维普 万方数据 等数据库收录!
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