| GPU加速的并行模拟退火算法在蛋白质预测中的应用 |
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| 引用本文： | 王丽美,杨辉,钟一文,刘新泽.GPU加速的并行模拟退火算法在蛋白质预测中的应用[J].宁夏大学学报(自然科学版),2015(2):140-145. |
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| 作者姓名： | 王丽美 杨辉 钟一文 刘新泽 |
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| 作者单位： | 临沧师范高等专科学校数理系;福建农林大学计算机与信息学院 |
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| 基金项目： | 云南省教育厅科学研究基金资助项目(2013Y102);云南省社会科学基金资助项目(BD14003) |
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| 摘 要： | 人类基因组测序工作初步结果显示,MSAPSO算法在求解蛋白质折叠问题时具有不错的求解精度,但是算法执行的时间开销却令人难以接受.针对此问题,使用CUDA编程模型在GPU上实现MSAPSO算法(CUMSA),利用GPU的计算能力,节省求解问题的时间成本.实验结果显示,CUMSA对4条测试序列求解得到的解的质量相对较高,由得到的解的构象图可知,CUMSA能够高效、正确地进行蛋白质折叠结构预测.
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| 关 键 词： | 蛋白质结构预测 模拟退火 GPU CUDA 并行计算 |
Application of GPU-accelerated Parallel Simulated Annealing Algorithm in Protein Structure Prediction |
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| Wang Limei;Yang Hui;Zhong Yiwen;Liu Xinze.Application of GPU-accelerated Parallel Simulated Annealing Algorithm in Protein Structure Prediction[J].Journal of Ningxia University(Natural Science Edition),2015(2):140-145. |
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| Authors: | Wang Limei;Yang Hui;Zhong Yiwen;Liu Xinze |
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| Institution: | Wang Limei;Yang Hui;Zhong Yiwen;Liu Xinze;Department of Mathematics and Physics,Lincang Teachers’ College;College of Computer and Information Technology,Fujian Agriculture and Forestry University; |
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