| MCL聚类算法求解植入(l,d)模体识别问题 |
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| 引用本文： | 陈昆,张小骏. MCL聚类算法求解植入(l,d)模体识别问题[J]. 河南大学学报(自然科学版), 2015, 45(1) |
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| 作者姓名： | 陈昆 张小骏 |
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| 作者单位： | 西安电子科技大学计算机学院,西安,710021 |
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| 摘 要： | 模体识别是指寻找一系列功能相近且形式相似的基因片段.为此将MCL聚类算法引入模体识别应用,设计出一种适用于这个问题的新算法,在一组目标DNA序列中找到拟识别的模体.该方法基于马尔科夫链原理,构建概率转移矩阵,按随机游走方式对矩阵进行扩展、膨胀迭代,最终形成各个样本的分类.在此基础上进行贪心算法求精计算,得出若干组模体.实验表明该算法是有效的.
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| 关 键 词： | 模体识别 MCL聚类算法 马尔科夫链 |
MCL Clustering Algorithm Solving Planted (l,d) Motif Identification |
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| CHEN Kun,ZHANG Xiaojun. MCL Clustering Algorithm Solving Planted (l,d) Motif Identification[J]. Journal of Henan University(Natural Science), 2015, 45(1) |
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| Authors: | CHEN Kun ZHANG Xiaojun |
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| Abstract: | |
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| Keywords: | motif identification MCL clustering algorithm Markov chain |
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