| 排序距离矩阵蛋白质结构比对算法 |
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| 引用本文： | 许海洋,周春光,郎美娜,邹淑雪.排序距离矩阵蛋白质结构比对算法[J].吉林大学学报(理学版),2008,46(4):670-674. |
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| 作者姓名： | 许海洋 周春光 郎美娜 邹淑雪 |
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| 作者单位： | 吉林大学 计算机科学与技术学院, 长春 130012 |
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| 基金项目： | 国家自然科学基金
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吉林大学"985工程"项目基金 |
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| 摘 要： | 提出一种改进的SortMatAlign算法, 通过快速排序预处理距离矩阵, 使MatAlign算法的时间复杂度由O(N4)降为O(N3). 结果表明, SortMatAlign算法计算出的RMSD值平均是MatAlign算法的1.098倍, 使用残基个数和RMSD综合衡量标准的S值平均是MatAlign算法的0.968倍, 在同等条件下, 运行速度比MatAlign提高18.276倍.
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| 关 键 词： | 蛋白质结构 结构比对 快速排序 SortMatAlign算法 时间复杂度 |
| 收稿时间： | 2007-10-17 |
Protein Structure Comparison by Sort Matrix Alignment |
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| XU Hai-yang,ZHOU Chun-guang,LANG Mei-na,ZOU Shu-xue.Protein Structure Comparison by Sort Matrix Alignment[J].Journal of Jilin University: Sci Ed,2008,46(4):670-674. |
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| Authors: | XU Hai-yang ZHOU Chun-guang LANG Mei-na ZOU Shu-xue |
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| Institution: | College of Computer Science and Technology, Jilin University, Changchun 130012, China |
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| Abstract: | An improved SortMatAlign method was proposed by which MatAlign time complexity was reduced from O(N4) to O(N3) by quick sort and pretreatment of distance matrices. Experiment results support the new method’s feasibility and effectiveness. On the average, the value of RMSD by SortMatAlign is 1.098 times that by MatAlign, and the Svalue comprehensively evaluated by the number of residue pairs and RMSD is 0.968 times that by MatAlign. SortMatAlign is 18.276 times faster than MatAlign to get the same result. |
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| Keywords: | protein structure structural comparison quick sort SortMatAlign method time complexity |
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