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| 基于公共sRNAs库的病毒检测分析研究 | |
| 引用本文： | 王亚静,王珲,王敏,徐峰.基于公共sRNAs库的病毒检测分析研究[J].天津科技大学学报,2014(5):35-41. |
| 作者姓名： | 王亚静 王珲 王敏 徐峰 |
| 作者单位： | 1. 天津科技大学生物工程学院,天津,300457 2. 英国自然环境理事会/生态与水文研究中心，牛津 OX10 8BB 3. 南开大学药学院药物化学生物学国家重点实验室,天津,300071 |
| 基金项目： | 天津市科技支撑计划资助项目(12ZCZDSY14500)；天津市自然科学基金资助项目 |
| 摘 要： | 以公共的small RNAs(sRNAs)新一代测序数据为材料,通过生物信息学的分析方法检测生物实验系统样品中存在的病毒,讨论病毒与宿主间的关系,病毒的种属特性,进而指导生物实验设计.从GEO Datasets数据库下载917个已发表的sRNAs高通量测序数据,通过生物信息学分析共检测出来自334个样品库的2,107条高度同源的病毒序列和2,930条疑似的病毒序列.这些病毒主要是正链RNA病毒、反转录病毒和双链DNA病毒,集中在花椰菜花叶病毒科、反转录病毒科、杆状病毒科和芜菁黄花叶病毒目. |
| 关 键 词： | 病毒检测 small RNAs 病毒分类 生物信息学 抗病毒免疫 下一代测序 |
Virus Detection Based on Samples from Biological Experiment Systems |
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| WANG Yajing,WANG Hui,WANG Min,XU Feng.Virus Detection Based on Samples from Biological Experiment Systems[J].Journal of Tianjin University of Science & Technology,2014(5):35-41. | |
| Authors: | WANG Yajing WANG Hui WANG Min XU Feng |
| Institution: | WANG Yajing;WANG Hui;WANG Min;XU Feng;College of Biotechnology,Tianjin University of Science & Technology;NERC/Centre for Ecology and Hydrology;College of Pharmacy,State Key Laboratory of Medicinal Chemical Biology,Nankai University; |
| Abstract: | |
| Keywords: | virus detection small RNAs virus classification bioinformatics antiviral immunity next generation se-quencing |
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