| 氨基酸主成分分析法及在蛋白质结构预测中的应用 |
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| 引用本文： | 谢军民,杜奇石,王树青,李大鹏,孙浩.氨基酸主成分分析法及在蛋白质结构预测中的应用[J].天津师范大学学报(自然科学版),2005,25(1):1-5. |
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| 作者姓名： | 谢军民 杜奇石 王树青 李大鹏 孙浩 |
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| 作者单位： | 天津师范大学,生物信息与药物开发研究所,天津,300074 |
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| 基金项目： | 国家自然科学基金资助项目(20373048)，天津市科委基础科学面上资助项目(023618211) |
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| 摘 要： | 用化学计量学的主成分分析(PCA)法计算和分析了4种类型(α型、β型、α／β型和α β型)204个蛋白质的20种氨基酸在主成分中的贡献．研究发现，20种氨基酸在4种类型蛋白质的主成分中的贡献有明显的不同．氨基酸在主成分中的贡献体现了4种类型蛋白质的结构特征，有深刻的物理和化学的内在原因．我们把氨基酸的主成分分析法应用于蛋白质结构类型的预测，对4种类型的蛋白质都取得了满意的结果．使用LOO(leave one out)检验法，4种类型蛋白质的预测正确率分别为：76．9％(α型)、96．7％(β型)、82．2％(α／β型)和78．39／5(α β型)，204个蛋白质的整体正确率为84．3％，高于以氨基酸组成为基础的简单距离和欧几里德距离等方法．
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| 关 键 词： | 氨基酸 蛋白质结构 主成分分析（PCA） 生物信息学 |
| 文章编号： | 1671-1114(2005)01-0001-05 |
| 修稿时间： | 2003年9月5日 |
Amino Acid Principal Component Analysis for Protein Structural Study and Its Application in Structure Prediction |
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| XIE Jun-min,DU Qi-shi,WANG Shu-qing,LI Da-peng,SUN Hao.Amino Acid Principal Component Analysis for Protein Structural Study and Its Application in Structure Prediction[J].Journal of Tianjin Normal University(Natural Science Edition),2005,25(1):1-5. |
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| Authors: | XIE Jun-min DU Qi-shi WANG Shu-qing LI Da-peng SUN Hao |
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| Abstract: | |
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| Keywords: | amino acids protein structure principal component analysis (PCA) bioinformatics |
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