| 濒危树种香木莲转录组分析 |
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| 引用本文： | 苗艺明,石松,杨梅,刘世男.濒危树种香木莲转录组分析[J].北华大学学报(自然科学版),2021,22(1):122-127. |
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| 作者姓名： | 苗艺明 石松 杨梅 刘世男 |
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| 作者单位： | 广西大学林学院,广西 南宁 530004;广西壮族自治区都安瑶族自治县自然资源局,广西 都安 530799;广西大学林学院,广西 南宁 530004;广西大学林学院,广西 南宁 530004 |
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| 基金项目： | 广西高校中青年教师科研基础能力提升项目 |
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| 摘 要： | 为获得基因组信息,利用下一代高通量测序技术平台IIIumina HiSeqTM4000对香木莲(Manglietia aromatica)组织进行转录组测序,将Raw reads过滤组装后获得的Unigene进行生物信息学相关分析.结果 显示:共获得48123条Unigene,N50为1331 nt,平均长度为960 nt.与NR、GO、KOG、KEGG、Swiss-prot数据库进行比对得到注释的有效序列数量分别为37877、32125、25525、30143和27988条.在NR数据库中,与莲花(Nelumbo nucifera)、博落回(Macleaya cordata)、葡萄(Vitis vinifera)、棕榈(Elaeis guineensis)等物种匹配序列较多;在GO数据库中得到3大类58个亚类共246974个功能注释,其中,基因数最多的是生物学过程注释;在KOG数据库中得到25类25525个功能注释,其中,一般功能和信号传导机制的相关基因数量较多;在KEGG pathway中涉及6大类19个亚类共142条代谢途径分支,其中,代谢相关通路较多,占总数的63.6％.
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| 关 键 词： | 香木莲 转录组 生物信息学分析 |
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